Ubuntu下lammps安装

Linux系统下软件安装

0.0须知

#一切均在Ubuntu2.0文件夹下安装    E:\VMware test bag\Ubuntu1.0

ps：所有需要的压缩包，如果在主机下载（或者直接下载至linux中），有以下几种方式移动至linux系统

（1）U盘移动，麻烦，但最有用

（2）通过5.0下载好vmtools后使用共享文件夹移动压缩包，非常方便，但我安好了在特殊情况下断开了

（3）在linux内联网情况下，使用火狐直接下载至系统本地，有的包下载极慢，甚至下载不出来

                                                          PPT

1. 第一部分  lammps安装
   1. 预安装

    gcc g++ gfortran make

    lammps安装包网站下载：在linux系统中下载即可  官网→download→

                                          历史版本2021.7.28：lammmps-28Jul2021.tar.gz

1. 1. 优先安装  

apt-get install gcc，g++，make，gfortran#全部安装

                   apt-get install mpi-default-*

                   apt-get install libfftw3*

                   apt-get install vim            #本行为编辑器

1. 1. lammps安装

lammps安装视频参考：https://www.bilibili.com/video/BV1fq4y1D75i/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=90674d77467b8b1ffd34a065944302a6

    前提：压缩包在download中

    cd ../..  至返回计算机用户    

root@chengming-virtual-machine:/home/chengming

    ls   查看文件夹，找到lammps对应压缩包

   将包移动到主目录下：方便查看

   解压缩lammps.zip:进入目录src/MAKE

   ls

   vim  Makefile.mpi     #编译此文件，i进行编写，esc→：→wq  退出

   删除JPG三行 以及EXTRA等里面的三组 JPG  退出

  返回上一级 src目录安装：make package-status                                #此处到下方运行处也为后续安装新包过程

  make yes-KSPACE

  make yes-MOLECULE

  make yes-RIGID

  make yes-REAXFF

  make yes-MANYBODY

  make yes-CLASS2

  make yes-MEAM         #安装需要的包                              EXTRA-COMPUTE

                                     #对照已安装电脑安装：额外包   EXTRA-DUMP  EXTRA-FIX  EXTRA-MOLECULE  EXTRA-PAIR

  

  make package-status  #查看是否安装完成   均在src（源代码目录）中安装，以上7个

  make mpi -j 4              #src目录下

  cp  lmp_mpi    /usr/local/bin  #复制lmp_mpi 到bin文件

  vim /etc/profile                     #编译文件

  export PATH=/usr/local/bin:$PATH   #末尾行添加此，profile文件指引此目录    退出

  source /etc/profile                 #更新运行此文件

  

运行：

  cd .. 退到lammps目录中，

  cd    进入examples/melt

  ls     查看in.melt 文件    

  mpiexec -np 4 lmp_mpi -in in.melt   #运行公式，进行in.melt lammps测试

可以运行-END

1. 第二部分  vmd

1. 1. vmd安装

#下载安装包及视频视频    安装包要放在linux里面

https://www.bilibili.com/video/BV1Th411h7bU/?from=search&seid=16614903248362065152&vd_source=90674d77467b8b1ffd34a065944302a6

自行测试

1. 第三部分  packmol
   1.  packmol安装（非常简单）

#安装步骤以及安装包网站

https://zhuanlan.zhihu.com/p/370582394#:~:text=%E4%B8%80%E3%80%81linux%E7%B3%BB%E7%BB%9F%E4%B8%8B%E7%9A%84%E5%AE%89%E8%A3%85%201.%E4%B8%8B%E8%BD%BD%E5%AE%89%E8%A3%85%E5%8C%85Initial%20configurations%20for%20Molecular%20Dynamics%E5%AE%98%E7%BD%91%E4%B8%8B%E8%BD%BD%202.%E5%B0%86%E5%AE%89%E8%A3%85%E5%8C%85%E6%94%BE%E5%85%A5Linux%E7%B3%BB%E7%BB%9F%E4%B8%8B%203.%E5%9C%A8Linux%E7%B3%BB%E7%BB%9F%E4%B8%8B%E8%A7%A3%E5%8E%8B,packmol.tar.gz%204.%E6%89%93%E5%BC%80%E8%A7%A3%E5%8E%8B%E5%90%8E%E7%9A%84%E6%96%87%E4%BB%B6%E5%A4%B9%20cd%20packmol-20.2.2%205.%E5%AE%89%E8%A3%85%20make%20%E5%AE%89%E8%A3%85%E6%88%90%E5%8A%9F%20%28base%29%5Broot%40VM_0_17

#安装包：

链接：https://pan.baidu.com/s/1VQ5E2_5kzJ9R9yEacAWqbg

提取码：vtnr

自行测试

1. 第四部分  moletemplate
   1. moletemplate

#安装包：链接：https://pan.baidu.com/s/1x1g_UAfOiNScVZpdG1-zRQ

提取码：7ete

1. 1. 安装anaconda（此处有点麻烦）

#安装参考链接：https://blog.csdn.net/wyf2017/article/details/118676765

ps：未找到自己的安装位置时，可以重新安装一下anaconda，此时会出现位置

我的是安装在了root/anaconda3里面

环境变量配置：https://blog.csdn.net/qq_41375318/article/details/107184397

调试

1. 1. 安装moltemplate

#官方网页：http://moltemplate.org/

自行浏览用法

#安装参考：https://blog.csdn.net/weixin_45896923/article/details/123695893

  克隆过慢的话选择一下压缩包方式（比较推荐）

#压缩包下载方式链接：https://www.moltemplate.org/download.html

链接内直接下载，完成后移动压缩包至linux内即可

打开压缩包，解压

vim ~/.bashrc             #环境变量编译

# 最后一行加入以下

export PATH="/home/xianlei/moltemplate/moltemplate:${PATH}"                    #目录为moltemplate解压目录，自行修改

export PATH="/home/xianlei/moltemplate/moltemplate/scripts:${PATH}"         #同上，为moltemplate/scripts目录

#退出

source ~/.bashrc   #更新     

#测试 1

在桌面打开终端，命令行输入which moltemplate→出现路径，安装成功

#测试2

进入目录/home/chengming/moltemplate/moltemplate/moltemplate_2023-2-06/examples/

             all_atom/force_field_OPLSAA/butane/moltemplate_files     #这是我的moltemplate目录下的一个算例文件，都有

打开终端：moltemplate.sh -atomstyle dull system.it

测试有结果生成data文件

成功

1. 第五部分  vmtools
   1. vmware Tool安装（此处累了，自行观看链接）

#下载vmware tools安装包视频

参考视频：https://baijiahao.baidu.com/s?id=1636060669707508136&wfr=spider&for=pc

ps：版本对齐

#安装视频

https://huaweicloud.csdn.net/63560fe3d3efff3090b595c5.html?spm=1001.2101.3001.6650.8&utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2~default~BlogCommendFromBaidu~activity-8-125948689-blog-102779721.pc_relevant_3mothn_strategy_recovery&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2~default~BlogCommendFromBaidu~activity-8-125948689-blog-102779721.pc_relevant_3mothn_strategy_recovery&utm_relevant_index=10

#安装后视频

https://blog.csdn.net/Cosmicsea/article/details/127722374#:~:text=VMware%20Tools%E5%AE%89%E8%A3%85%E5%90%8E%E7%9A%84%E9%85%8D%E7%BD%AE%E4%B8%8E%E4%BD%BF%E7%94%A8%201%201%E3%80%81%E5%AE%89%E8%A3%85%20VMware%20Tools,2%202%E3%80%81CentOS%E4%BC%9A%E5%87%BA%E7%8E%B0%E4%B8%80%E4%B8%AAVMware%20Tools%E7%9A%84%E5%AE%89%E8%A3%85%E5%8C%85%EF%BC%8C%E5%A6%82%E6%9E%9C%E6%B2%A1%E6%9C%89%E7%9A%84%E8%AF%9D%E5%86%8D%E9%87%8D%E6%96%B0%E5%AE%89%E8%A3%85%E4%B8%80%E6%AC%A1%E8%AF%95%E8%AF%95%203%203%E3%80%81%E6%89%93%E5%BC%80%E8%BF%99%E4%B8%AA%E5%85%89%E9%A9%B1%EF%BC%8C%E5%8F%AF%E4%BB%A5%E7%9C%8B%E5%88%B0%E4%B8%80%E4%B8%AAVMwareTools...tar.gz%E7%9A%84%E6%96%87%E4%BB%B6%EF%BC%8C%E6%8A%8A%E5%AE%83%E6%8B%B7%E8%B4%9D%E5%88%B0%20%2Fopt%E7%9B%AE%E5%BD%95%E4%B8%8B

三者加起来安装完成即可

linux使用小技巧：

  1.ctrl+shift+鼠标左键拖动：可以完成快捷方式的建立

  2.进入超级用户：sudo su 并输入用户密码

     退出超级用户：exit + enter（回车） 如果不能退出多试几次

  3.mkdir   data             #新建文件夹data意思  

  4.touch   abc.txt         #新建文本文档abc.txt

  5.vim ~/.bashrc            进入编辑系统环境变量

     alias xx=‘目录’    #给软件xx添加软目录 ，命令行直接输入xx即可打开xx

  6.arch                        #查看linux内核版本

  7.etc/profile               #环境变量配置文件