不想翻身的小咸鱼-CSDN博客

原创 .mat转.csv代码

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2023-05-24 19:57:16 228

原创 conquest安装（无root权限不联网不配置环境变量）

一、 blas-3.8.0tar -zxvf blas-3.8.0.tgz#修改 make.inc FORTRAN = gfortran -mhost -mieee -mftz -fno-second-underscore -fPIC - std=legacy OPTS = -O3 DRVOPTS = $(OPTS) NOOPT = LOADER = gfortran -mhost -mieee -mftz -fno-second-underscore -fPIC -s

2021-04-25 15:56:04 687

原创 lammps安装（无root权限不联网不配置环境变量）

简介LAMMPS是一种经典的分子动力学代码，着重于材料建模。它是原子/分子大规模并行模拟器的首字母缩写。LAMMPS具有固态材料（金属，半导体）和软物质（生物分子，聚合物）以及粗粒或介观系统的潜力。它可以用于对原子建模或者可以用作原子中观或连续谱规模的并行粒子模拟器。LAMMPS在单个处理器上运行，或者使用消息传递技术和模拟域的空间分解并行运行。它的许多型号都有在CPU，GPU和Intel Xeon Phis上提供加速性能的版本。LAMMPS是根据GPL条款作为开放源代码分发的。所有LAMMPS开发都

2021-04-25 15:18:39 1832

原创 GADGET安装（无root权限不联网不配置环境变量）

简介GADGET-2 是一款用于分布式存储大规模并行计算机上的宇宙学N-body/SPH模拟的开源软件。GADGET-2通过分层树算法（hierarchical tree algorithm）计算引力（可结合粒子网格算法（particle-mesh scheme）计算远程引力），并通过平滑粒子流体动力学（smoothed particle hydrodynamics，SPH）方法表征流体。GADGET-2可用于研究孤立系统，也可用于带有或不带周期性边界条件的宇宙空间膨胀模拟。因此，GADGET-2可解决许

2021-04-25 15:07:27 717

原创 AutoDOCK安装（无root权限不联网不配置环境变量）

简介AutoDock是一套自动对接工具。它旨在预测小分子（例如底物或候选药物）如何与已知3D结构的受体结合。AutoDock 4实际上包含两个主要程序：autodock将配体对接至描述目标蛋白质的一组网格；自动网格会预先计算这些网格。除了将它们用于对接之外，原子亲和力网格也可以可视化。例如，这可以帮助指导有机合成化学家设计更好的粘合剂。AutoDock Vina不需要选择原子类型并为其预先计算网格图。取而代之的是，它在内部为所需的原子类型计算网格，并且几乎立即执行此操作。AutoDockTools，简

2021-04-23 13:43:22 3749

原创 linux下gromacs安装（无root权限不联网不配置环境变量）

简介GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。它的模拟程序包包含GROMACS力场(蛋白质、核苷酸、糖等)，研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。安装GROMACS-2019.3软件详细步骤（一）、mpich-3.2支持版本号：3.2及以上源码包位置：

2021-04-22 17:16:41 3069 2

原创 canu安装（无root权限不联网不配置环境变量）

简介Canu是Celera Assembler的一个分支，专门用于高噪声单分子测序（例如PacBio RSII或Oxford Nanopore MinION）。Canu将来自PacBio RS II或Oxford Oxford Nanopore MinION仪器的读数组装成独特可组装的重叠群单位。Canu将许多设计和代码归功于celera-assembler。Canu可以使用几乎任何形状或大小的硬件运行，从笔记本电脑到具有数千个节点的计算网格。显然，较大的程序集将需要很长时间在笔记本电脑上进行计算，

2021-04-22 13:42:19 1169

原创 hwloc安装（无root权限不联网不配置环境变量）

简介可移植硬件位置（hwloc）软件包提供了现代体系结构（包括NUMA内存节点，套接字，共享缓存，内核和同步多线程）的分层拓扑的可移植抽象（跨OS，版本，体系结构等）。它还收集各种系统属性（例如缓存和内存信息）以及I / O设备（例如网络接口，InfiniBand HCA或GPU）的位置。hwloc的主要目的是帮助应用程序收集有关日益复杂的并行计算平台的信息，从而相应地并有效地利用它们。例如，紧密协作的两个任务可能应该放在共享缓存的内核上。但是，最好将两个独立的内存密集型任务分散到不同的套接字上，以最大

2021-04-22 10:51:24 3337 3

原创 VMD安装（无root权限不联网不配置环境变量）

简介VMD是分子可视化程序，使用OpenGL提供高质量的3D分子图形。用于显示、动画演示和分析大的生物分子体系。VMD专为建模，可视化和分析生物系统（例如蛋白质，核酸，脂质双层组件等）而设计。由于VMD可以读取标准蛋白质数据库（PDB）文件并显示，因此可用于查看更通用的分子包含的结构。VMD提供了多种用于渲染和着色分子的方法：简单的点和线，CPK球体和圆柱体，甘草键，主干管和色带，卡通绘图等。VMD可用于对分子动力学（MD）模拟的轨迹进行动画处理和分析。特别是，VMD可以通过在远程计算机上显示和模拟分子

2021-04-21 17:47:18 2811 1

原创 blast安装（无root权限不联网不配置环境变量）

简介BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是一种对相似性的统计说明。BLAST发现生物学序列之间的相似区域。BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。该程序将核苷酸或蛋白质序列与序列数据库进行比较，并计算统计显着性。基本局部比对搜索工具（BLAST）查找序列之间的局部相似性区域。BLAST可用于推断序列之间的功

2021-04-21 12:56:46 1299