- 当使用Trinity组装时,如果数据量过大,可以考虑使用
--min_kmer_cov 2
参数丢弃uniquely occurring kmer, 从而降低内存消耗
- 设置
--no_distributed_trinity_exec
会在输出目录下面(trinity_out_dir)生成一个recursive_trinity.cmds文件,这里面包含了下一步运行的所有命令,这些命令是可以并行执行的时候
- 然后运行Trinity会自动识别已经完成部分,接着未完成的命令继续运行
运行命令如下:
/home/yueyao/bio/trinityrnaseq-Trinity-v2.4.0/Trinity --seqType fq --max_memory 100G --CPU 50 --min_kmer_cov 3 --left /home/yueyao/10.GongTong/00.data/FCHK2FVCCXY_L3_WHDAVllgEAAARAAPEI-96_1.fq.gz,/home/yueyao/10.GongTong/00.data/FCHK2FVCCXY_L3_WHDAVllgEAABRAAPEI-97_1.fq.gz,/home/yueyao/10.GongTong/00.data/FCHK2FVCCXY_L3_WHDAVllgEAABRAAPEI-97_1.fq.gz --right /home/yueyao/10.GongTong/00.data/FCHK2FVCCXY_L3_WHDAVllgEAAARAAPEI-96_2.fq.gz,/home/yueyao/10.GongTong/00.data/FCHK2FVCCXY_L3_WHDAVllgEAABRAAPEI-97_2.fq.gz,/home/y