Trinity的分步运行

最新推荐文章于 2024-01-10 07:00:00 发布
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在处理大量数据时，Trinity可以通过丢弃uniquely occurring kmer来降低内存需求。它生成的recursive_trinity.cmds文件包含可并行执行的命令。Trinity能自动识别已完成的部分，继续未完成的任务。Butterfly.jar用于在德布鲁因图中找到正确路径并构建contig序列。拆分的contig代表基因家族的转录本或旁系同源基因，不同路径的contig视为同一基因的不同转录本。最终结果是各类Trinity.fasta文件的合并。
摘要由CSDN通过智能技术生成
  • 当使用Trinity组装时，如果数据量过大，可以考虑使用--min_kmer_cov 2参数丢弃uniquely occurring kmer, 从而降低内存消耗
  • 设置--no_distributed_trinity_exec会在输出目录下面（trinity_out_dir）生成一个recursive_trinity.cmds文件，这里面包含了下一步运行的所有命令，这些命令是可以并行执行的时候
  • 然后运行Trinity会自动识别已经完成部分，接着未完成的命令继续运行
    运行命令如下：
/home/yueyao/bio/trinityrnaseq-Trinity-v2.4.0/Trinity --seqType fq --max_memory 100G --CPU 50 --min_kmer_cov 3 --left   /home/yueyao/10.GongTong/00.data/FCHK2FVCCXY_L3_WHDAVllgEAAARAAPEI-96_1.fq.gz,/home/yueyao/10.GongTong/00.data/FCHK2FVCCXY_L3_WHDAVllgEAABRAAPEI-97_1.fq.gz,/home/yueyao/10.GongTong/00.data/FCHK2FVCCXY_L3_WHDAVllgEAABRAAPEI-97_1.fq.gz  --right /home/yueyao/10.GongTong/00.data/FCHK2FVCCXY_L3_WHDAVllgEAAARAAPEI-96_2.fq.gz,/home/yueyao/10.GongTong/00.data/FCHK2FVCCXY_L3_WHDAVllgEAABRAAPEI-97_2.fq.gz,/home/y
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