开始进行lammps手册的学习啦，跟着Manual一边翻译一边做吧！（转载）

转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_64813e370100ngsz.html

注明：黄色部分基本上为不懂的部分，红色字体为所做注释

一、各种文件的介绍：

1 in file:建立该文件以便程序的写入

2 log file：写入状态信息（if the switch is used?）

3 screen file  决定结果的是否进行屏幕输出

4 var name file 定义一个变量，name指变量名，可为字母也可为字符串，形式$x / $ {abc}

 

二、屏幕输出：

结果显示在屏幕上，同时在log file 中。开始前LAMMPS计算出所需的存储空间，运行中每隔几个时步显示一次热力学状态，直至输出最终状态。

Loop time of 49.002 on 2 procs for 2004 atoms     该部分显示了几个大类的计算时间

Pair time (%) = 35.0495 (71.5267)

Bond time (%) = 0.092046 (0.187841)

Kspce time (%) = 6.42073 (13.103)

Neigh time (%) = 2.73485 (5.5811)

Comm time (%) = 1.50291 (3.06703)

Outpt time (%) = 0.013799 (0.0281601)

Other time (%) = 2.13669 (4.36041)

 

Nlocal: 1002 ave, 1015 max, 989 min         每个处理器中特定原子的数目  

Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1              

Nghost: 8720 ave, 8724 max, 8716 min

Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1

Neighs: 354141 ave, 361422 max, 346860 min

Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1

 

Total # of neighbors = 708282   

Ave neighs/atom = 353.434

Ave special neighs/atom = 2.34032

Number of reneighborings = 42

Dangerous reneighborings = 2

 

当运用了能量最小化命令进行能量最小化时，还将出现如下所示语句：

Minimization stats:

E initial, next−to−last, final = −0.895962 −2.94193 −2.94342  （显示初终能量以及next-to-last 循环的能量）

Gradient 2−norm init/final= 1920.78 20.9992  （给出能量梯度，即所有原子的受力）

Gradient inf−norm init/final= 304.283 9.61216   2-form是力向量的长度，inf-for