VMD的相关命令（转载）

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自我学习总结：

1、打开VMD main上Extensions中的TkConsole这是VMD的控制命令区域。

2、围绕x轴旋转90：rotat x by 90  (或者rotat x to 90)

3、原子颜色设置+动力学键：

      用fortran编写成lammps文件，可以识别原子类型，比如系统原子类型是1和2，点击VMD Main-Graphics-Colors-Categories选择Name-Names选择1或者2-Colors中选择颜色。

     Graphics-Representations-Create Rep-Drawing Method-CPK设置Bond Radius为0，其余不变； Create Rep-Drawing Method-DynamicBonds设置Distance Cutoff为1.8，Bond Radius为0.2，Bond Resolution为6；

4、背景色改变： VMD Main-Graphics-Colors-Categories选择Display-Names选择Background-Colors中选择颜色。

5、前后原子隐藏： VMD main-Display-Display setting-Near Clip设置可使前面原子隐藏，Far Clip可使后面原子隐藏；Cue Mode中Cue Density可使原子更清晰。

6、坐标轴隐藏 VMD main-Display-Axes-off

7、配合HyperSnap6截图：图像-剪裁可以截取任意尺度图像。

 

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4478909801014cin.html

 

VMD的console是十分强大的，也提供了很多内置命令，这里把当年研究VMD内置命令的笔记的一小部分发上来。和user guide有相似之处，但是我都尽量写成例子的形式来说明，绝大部分都是亲自试过的。可能当时有些地方写的不准确，也不完整，但是现在也懒得check了。有疑问还是对照user guide中的严格说法。   *****一些额外内容***** VMD里面所有行为，都可以用命令描述出来。打开VMD之后运行log sdf.txt，接下来干你的事，你干的所有事的等价的命令行都被记录到sdf.txt当中，运行log off停止记录。 atomselect之后占用内存，选择范围的原子越多占得越大，应当用完之后删除，比如atomselect1 delete，内存就释放了。但是atomselect编号仍然继续往后延，并不会重新占用已经删了的。 修改TKconsole的设置，通过修改D:studyVMD186pluginsnoarchtclvmdtkcon1.0tkcon-modified.tcl。比如里面的font create tkconfixed -family Courier -size 12，把12改成20，字号就变成20了。 在.vmdrc或者vmd.rc里面有很多被注释掉的内容，也有没有被注释的，都是控制启动后vmd的默认设置，比如开哪些窗口，窗口位置，光源什么的 *****以下为正文***** animate dup 0 复制当前帧到最后新的一帧 animate dup frame 2 0 复制22帧到新的帧 animate pause 暂停播放，按回车或者随便瞎输个命令就可继续 animate forward/for向下播放 animate reverse/rev向前播放 animate prev/next 向前/向后一帧 animate skip 设置播放时的step animate delete all 删除所有帧 animate speed 0.3 设置速度为0.3，数值>=0，<=1 animate style once/loop/rock 设置播放模式 animate styles 显示可用的播放模式，其实就是显示once、loop、rock animate goto start/end/n  回到开始帧、末尾帧、第n帧 atomselect keywords显示所有可以选择的关键字 macro指的就是那些charged、acidic之类的整体。 atomselect macro 显示所有macro atomselect macro charged 显示charged的定义 atomselect delmacro ions    删除ions的macro atomselect macro sdfsdf {resname ALA and hydrogen}  定义一个新的macro，如果已经有定义了，则覆盖 设好的macro在graphics repres