关于VMD相关介绍（二）

文章来源：“分子动力学”公众号

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接着 关于VMD相关介绍（一）讲

三. 三级结构可视化软件VMD：multiple representation

VMD 可以设置多个 representations(简称rep)，也就是将多个显示状态的试试效果叠加在一起。

设置第一个 rep:当前处于编辑状态下的 rep 背景色为浅绿色。设置 Drawing Method为NewCartoon，Coloring Method为Secondary Structure，Selected Atoms 为“all”，回车(或点击右下角 Apply 按钮)。

创建第二个 rep:点击 Create Rep。点击后，复制产生了和第一个一模一样的第二个 rep。浅绿色背景自动跳转到第二个 rep，即目前第二个 rep 处于可编辑状态。设置Drawing Method 为 cpk ， Coloring Method为 colorid ， 并选择选 “ 1 red ”(红色)， Selected Atoms为“resname PRO”，回车(或点击右下角Apply按钮)。

设置两个 representations 后，蛋白质中的所有脯氨酸就以红色的原子球的形式叠 加显示在以二级结构着色的碳骨架上了。

创建第三个 rep:点击 Create Rep。设置 Drawing Method 为 Surface，Coloring Method 为 colorid，并选择选“8 white”(白色)，Selected Atoms 为“all”，回 车(或点击右下角 Apply 按钮)。此时，可以看到填满肉的蛋白质，也就是蛋白质的外表面。继续设置 Coloring Method 右侧的 Material(材质)为 Transparent(透明材质)。如果显卡支持，可以打开 GLSL 显示模式:主窗口中点 Display ==》Rendermode ==》选中 GLSL。GLSL打开后的Transparent Surface变得更加柔美了。

如果要删除某一个 rep，比如删除第二个 rep，需要先选中它(选中后背景色变为浅绿色)，再点击 Delete Rep，就删掉了。或者你可以双击某一个 rep，比如双击第三个 rep，将其暂时隐藏，等需要的时候再双击它取消隐藏。

当把蛋白质结构的显示效果调整到比较满意的状态后，可以保存当前所有的 representations(注意保存的是显示状态，而不是结构):主窗口中点击 File ==》Save Visualization State 》保存在桌面上，起名叫 mystate.vmd。接下来关闭 VMD 再重新打开。这次我们不需要 Load 蛋白质结构，分别设置三个 rep，我们只需要直接载入刚刚保存的 mystate.vmd，即可恢复刚刚的显示状态:主窗口中点击 File》 Load Visualization State ==》找到并打开 mystate.vmd。这时，之前保存的显示状态就自动显示出来了。

四. 三级结构可视化软件VMD：display & lable

调换背景颜色:主窗口中点击 Graphics ==> Colors ==> 弹出 Color Controls 颜色控制窗口 ==> Categories 选 Display ==> Names 选 Background ==> Colors 选 8 white。

Color Controls 窗口里可以调整各种 VMD 默认的颜色方案。比如 Coloring Method 选 Name 的时候，默认的颜色方案是:氢原子白色，氧原子红色，碳原子青色等。这里，你可以根据需要把它们设置成其他颜色。

隐藏坐标轴:主窗口中点击 Display ==> Axes ==> off。

显示 Lable:有时我们需要标记出某些氨基酸的序号或原子的名称。主窗口中点击 Mouse ==> Lable ==> Atom。把鼠标模式设置为 Lable 模式，让它标记原子。此时，鼠标变为十字 。接下来在显示窗口中，要标记哪个原子就在哪里点一下。点击后出现文本显示的氨基酸名字、氨基酸序号以及被点击的原子的名字。

调整Lable:

1)改变字体颜色(图3):主窗口中点击 Graphics ==> Colors ==> 弹出 Color Controls 颜色控制窗口 ==> Categories选Lable ==> Names选Atoms ==> Colors选16 black。

2)改变字体大小/粗细(图4):主窗口中点击 Graphics ==> Lables ==> 弹出 Lable 窗 口 ==> Global Properties 标签下设置 Text Size 改变字体大小，Thickness 改变粗细。

3)改变显示位置和内容(图5):主窗口中点击 Graphics ==> Lables ==> 弹出 Lable 窗 口 ==> Properties 标签下 ==> 选中要调整的 Lable ==> 按住鼠标左键在 Offset 坐标系内移动 来改变 Lable 的位置 ==> 写入 Format 来改变 Lable 的内容。默认 Format 为:%R(氨基酸名字)%d(氨基酸序号):%a(原子名字)。比如，只想显示氨基酸名字和编号，删掉“:%a” 这部分代表原子信息的代码即可。

保存结构图:

以 bpti.pdb 这个蛋白质结构文件为例，设置了三个 representations，添加并调整了 Lable， 得到了最终的蛋白质3D结构(图6)。最后要做的就是保存结构图片。屏幕截图是较为方便快捷的方法，但是所得图片分辨率不高。如果想要高质量的图片，可以用主窗口下的 File ==> Render ==> 弹出File Render Controls 窗口。File Render Controls 窗口里可以选择多种图片导出方式。