linux下kegg注释软件,KEGG数据库-pathway对应基因的注释信息下载

KEGG数据库-pathway对应基因的注释信息下载

KEGG数据库pathway相关数据下载

我们下载KEGG数据库的目的是为了研究目标蛋白参与了那些pathway 。 前面我们介绍了KEGG 数据库中蛋白序列的下载方式，现在来介绍一下patyway 相关数据的下载方式。这个主要采用KEGG 的API进行获取，思路如下：

1. KEGG 有那些pathway ?

访问的API地址是：

http://rest.kegg.jp/list/pathway

通过该API ，可以获得所有pathway的列表。

2.  pathway 上有那些KO (KEGG 中的ID编号)

访问的API地址是：

其中map00010 就是对于的pathway 图的编号，通过遍历所有的pathway ,就可以kegg 数据库中跟pathway 相关KO。

3. KO 对应的蛋白编号是哪个？

访问API地址：

http://rest.kegg.jp/link/genes/K00500

其中K00500 就是我们在第二步中获得的KO， 通过遍历所有的KO，就可以获得在KO在不同物种中的基因(蛋白)编号。