R-下载某一条通路的所有基因名字(KEGG)

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实例:如何拿到KEGG数据库中多巴胺通路相关的基因集

一、确定目标通路

打开KEGG选择pathway,在搜索框前输入物种,框内填入关键词。

筛选结果显示仅有hsa04728符合我们的研究目的

二、下载hsa04728通路中的全部基因

##1.安装R包KEGGREST
首次安装时电脑可能会显示与当前R语言版本不配,可以从bioconductor 的官网下载安装

if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))      
   install.packages("BiocManager") 
BiocManager::install("KEGGREST", version = "3.10") 

可以library一下这个包,里面包含了KEGG数据库的19个子数据库
,“pathway”、“genes” 、“ligand”、 "brite"为4个主要的数据库,其他的子数据库是在这4个数据库的基础上衍生出来的。

> library("KEGGREST") 
> listDatabases()  
[1] "pathway"  "brite"    "module"   "ko"       "genome"   "vg"       
[7] "ag"       "compound" "glycan"   "reaction" "rclass"   "enzyme"  
[13] "disease"  "drug"     "dgroup"   "environ"  "genes"    "ligand"  
[19] "kegg"  
  • "pathway"数据库提供发生在细胞内各种反应的人工绘制途径图,以网络形式-呈现。“genes” 数据库存储KEGG中注册的已经测序的基因组信息。
  • "ligand"数据库可以查询化合物、多糖以及酶促反应等信息。
  • "brite"是将生物信息按等级层次分类归纳的数据库,其中所包含的KEGG、KO是用于同源性识别的系统。
    #2.提取通路信息
keggGet('hsa04728') 
gs<-keggGet('hsa04728')
  • 使用 keggGet 函数获取人类基因信号通路 hsa04650 的信息,并缓存
    逐步run可以看到结果包括了通路介绍、基因,基因间的联系方式,以及链接等等。

三.提取全部基因

#获取通路中gene信息 
gs[[1]]$GENE 
#查找所有基因 
genes<-unlist(lapply(gs[[1]]$GENE,function(x) strsplit(x,';'))) 
genelist <- genes[1:length(genes)%%3 ==2] 
genelist <- data.frame(genelist)  
#把结果写入表格中 
write.table(genelist, "C:\\Users\\xxx\\Desktop\\hsa04728.csv",            
row.names=FALSE,col.names=TRUE,sep=",") 

最终可以获得一个表格,genelist中有132个基因name,即多巴胺通路hsa04718中涉及的所有的基因。

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