Asa12138-CSDN博客

原创 NBT| myloasm利用多态性K-mer破解复杂宏基因组的高分辨组装难题

宏基因组学彻底改变了我们对未培养微生物世界的认知，并在人类健康、环境科学和基础生物学研究中发挥着关键作用。长读长测序技术，特别是PacBio高保真（HiFi）测序和具有R10.4化学测序芯片的ONT技术，因其能够跨越复杂重复区域，极大地提升了从宏基因组中恢复完整基因组的潜力。然而，宏基因组的固有复杂性——包括大量共存的高度相似基因组（菌株）、水平基因转移事件以及基因组重复序列——对组装算法构成了持续挑战。这种相似性有时甚至超过了测序本身的错误率，使得区分不同菌株变得极为困难。现有的长读长组装器主要基于两种范

2026-04-08 10:00:43 299

原创 Nature|DNA病毒组随人类基因和环境而变化

通过全基因组关联研究（genome-wide association study, GWAS），鉴定出数十个人类基因位点与Epstein-Barr病毒（EBV）、人类疱疹病毒7型（HHV-7）、Merkel细胞多瘤病毒（MCPyV）及指环病毒（anellovirus）的DNA载量相关，其中主要组织相容性复合体（major histocompatibility complex, MHC）区域的变异贡献了最强的遗传效应。与血液形成鲜明对比的是，唾液WGS数据中病毒DNA序列的检出率和丰度均显著更高。

2026-04-08 10:00:18 346

原创 Nature综述|微生物驱动的地球磷循环

磷是陆地生产力的“无声指挥家”，作为一种必需大量元素，其通过稀缺性而非丰度对生态系统施加着深远影响。与氮不同，磷没有显著的气态形式，主要来源于磷灰石等矿物的风化并在生态系统内部循环。全球范围内，慢性磷匮乏普遍存在，约43%的自然陆地面积（除南极洲外各大陆的森林、草原、苔原和湿地）以磷限制为主。在土壤环境中，通常只有不到6%的总磷以可溶性正磷酸盐的形式具有即时生物有效性，其余大部分存在于难利用形态中。与水生系统不同，陆地土壤呈现扩散限制的运输、强烈的吸附作用，并受到具有尖锐化学生物梯度的根际结构塑造，还直接承

2026-04-06 15:10:33 493

原创 NC|全球土壤微生物氮、磷利用效率的格局与驱动因素

相比之下，微生物磷利用效率没有表现出一致的纬度趋势，表明在微生物磷利用中，土壤养分有效性等局部因素的作用更强，并且微生物在适应高度可变的土壤碳磷比方面具有化学计量灵活性。森林生态系统的微生物氮、磷利用效率始终高于草原，这可能是由于森林土壤中更高的顽固有机物增加了微生物对养分的需求，并驱动了酶介导的养分觅食。森林的微生物氮、磷利用效率高于草原。草原由于其较低的基线氮、磷利用效率，以及由较低的碳养分比驱动的酶投资策略，在变暖诱导的矿化脉冲下可能更易受到养分淋失损失的影响，可能降低长期的碳封存潜力。

2026-04-06 15:09:37 352

原创 Nature Microbiology|质粒驱动的抗菌素耐药性进化：插入序列介导的基因失活新机制

对随机生成的接合网络进行模拟表明，随着网络密度（即菌株间接合连接的可能性）增加，质粒的流行度和每个细胞的平均IS突变数均上升，在高密度网络中，IS转座成为主导的突变类型。本研究表明，接合质粒是推动抗菌素耐药性进化的双重引擎：一方面作为耐药基因的高效传播载体，另一方面则作为可移动的诱变因子，通过其携带的插入序列失活宿主染色体基因，直接催化新耐药类型的产生。质粒在菌群中的接合扩散过程与其诱变效应协同作用，使得质粒不仅能“传播”耐药，还能在入侵新宿主的过程中“创造”新的耐药类型。

2026-04-03 16:14:01 380

原创 Nature综述｜细菌基因组进化中的上位性与共适应

在早期的进化理论发展中，达尔文就认识到性状共适应的重要性，他指出动物要获得发达的结构，“几乎必然需要其他多个部分被修饰并共适应”。随着现代综合进化论的发展，支持共变异的遗传学基础的重要性变得清晰。Wright曾指出，基因的效应依赖于其遗传背景，这与现在被称为“上位性”的现象一致，即一个基因的效应依赖于另一个基因。与等位基因独立贡献性状的加性效应不同，上位性对表型多样性的影响取决于上位性效应大小，并且至关重要的是，取决于遗传传递机制。在具有有性生殖的种群中，交配导致等位基因组合在每一代中被重新分配，趋于随机化

2026-04-03 16:13:38 528

原创 DECODE：适用于多组学数据的深度学习通用去卷积框架|Nature Methods

在整合了238个乳腺癌多组学样本的分析中，DECODE揭示了非转移性原位癌、转移性原位癌和脑转移灶之间显著的细胞组成差异，例如T细胞和血管周样细胞在非转移肿瘤中富集，而初始B细胞在转移病变中增加，这些发现与已知的免疫生物学知识相符。目前，反卷积算法的发展呈现高度专业化的态势。更重要的是，DECODE能够处理单细胞参考不完整（即组织样本包含未知细胞类型）的实际情况，并在多组学乳腺癌和肝病队列分析中，揭示了与生物学认知一致的细胞比例变化，证明了其在整合大规模多组学队列数据方面的强大潜力。

2026-03-30 10:05:43 367

原创 Nature Microbiology|经验性阿奇霉素治疗改变上呼吸道微生物组与抗性基因谱，但对COVID-19无抗炎益处

这篇研究在一项前瞻性、多中心队列研究中，对1164名因COVID-19住院的患者进行纵向宏转录组学（Longitudinal Metatranscriptomics）分析，通过采集鼻拭子样本，比较了接受阿奇霉素治疗、未使用任何抗生素或使用其他抗生素的患者其上呼吸道微生物组、抗性基因谱及系统性免疫反应的差异。研究发现，阿奇霉素显著改变了上呼吸道微生物组的组成，并增加了大环内酯类/林可酰胺类/链阳菌素B（MLS）类抗生素耐药基因的表达及其在抗性基因谱中的相对比例。尽管如此，在临床实践中，该药物仍被大量处方。

2026-03-30 10:04:23 463

原创高分辨率空间转录组学解析宿主-肠道微生物组的生物地理分布｜Nature Microbiology

长期以来，肠道微生物组被认为是一个具有类组织特性的器官系统，其功能由微生物与宿主细胞间的相互作用所定义。然而，由于缺乏合适的测量工具，研究这些相互作用一直存在挑战。尽管成像技术可以研究微生物在特定位置（如肠道、口腔）的定位，但这类方法通常存在多重性受限或无法提供宿主转录响应等详细信息。空间分辨RNA测序技术的兴起，使得在完整组织中保留空间信息的同时分析基因表达成为可能，但目前商业平台主要针对宿主多聚腺苷酸化转录本进行优化，在捕获微生物RNA方面存在灵敏度与分辨率不足等问题。这篇研究报道了一种高通量、高分辨率

2026-03-24 23:41:16 316

原创使用gRodon和Phydon进行微生物基因组的最大生长速率预测

微生物的最大生长率是其基本生活方式参数，传统上依赖于耗时且难以标准化的实验室培养实验。由于绝大多数微生物（>99%）不可培养，直接测量其生长潜力几乎不可能。作者开发了一个名为gRodon的R包，其核心是通过量化高表达基因（如核糖体蛋白基因）的密码子使用偏好来预测微生物的最大潜在生长率。gRodon通过结合三个关键密码子使用特征，显著提升了预测精度，相比前人开发的工具growthpred，与实验测量数据的拟合优度更高。

2026-03-24 23:40:51 516

原创 Evo 2：跨越所有生命领域的基因组建模与设计基础模型|Nature

更重要的是，Evo 2能够生成整个细胞器（如人类线粒体）的完整序列，生成的序列包含了正确数量的编码序列、tRNA和rRNA基因，并保持了正确的基因排列顺序和密码子使用偏好。Evo 2强调通用能力，而非针对特定任务的优化，它在生物序列建模领域树立了一个重要里程碑，为与中心法则所有“模态”（DNA、RNA、蛋白）相关、从分子到基因组尺度、并可跨越所有生命领域泛化的预测与设计任务，奠定了广泛的基础。值得注意的是，这些在模式生物中识别出的特征，能够迁移并应用于猛犸象基因组的基因区域，显示出模型的跨物种泛化能力。

2026-03-19 11:38:48 522

原创阿斯加德古菌的多样性、生态、细胞生物学与演化|Nat Rev Microbiol

生命的演化树长期被划分为细菌、古菌和真核生物三域。然而，真核细胞——拥有细胞核、线粒体、复杂内膜系统等特征的复杂生命形式——究竟如何从简单的原核祖先演化而来，是生物学领域最根本的谜题之一。经典的“内共生学说”（Endosymbiotic Theory）指出，真核细胞起源于一种古菌宿主与一种α-变形菌内共生体（即未来线粒体的祖先）的融合。但数十年来，这个神秘的古菌宿主的身份一直悬而未决。20世纪70年代，卡尔·沃斯（Carl Woese）等人通过核糖体RNA（rRNA）序列分析，确立了古菌（Archaea）作

2026-03-19 11:38:22 675

原创全球活性污泥微生物组的宏基因组解析| Nature Water

工业的快速发展和人口增长加剧了全球水资源短缺。污水处理厂是保护水环境和水资源的重要基础设施，对水资源的可持续性和可及性至关重要。废水中含有污染物和必需元素（如磷和氮），其去除和再利用的潜力尚未被完全发掘。为实现联合国可持续发展目标（目标6：清洁饮水和卫生设施），研究人员致力于通过依赖活性污泥中微生物介导的复杂生化反应来开发创新技术，以提高处理效率。全面理解活性污泥的微生物群落，以及在全局尺度上了解全球污水处理厂中关键微生物的身份、遗传组成、代谢潜力、生物多样性和生物地理分布，对于实现先进的工艺控制和管理、提

2026-03-17 00:49:17 365

原创地下水中隐藏的病毒多样性及其生态作用|NC

病毒是地球上最丰富的生物实体，估计数量级为10^31，大约是微生物细胞数量的一个数量级。在海洋等生态系统中，病毒通过裂解细胞、基因水平转移和代谢重编程感染细胞（形成“病毒细胞”）等方式，在微生物演化、生物地球化学循环（如“病毒分流”和“病毒穿梭”）中扮演着至关重要的角色。海洋病毒的研究已鉴定出数以万计的病毒编码辅助代谢基因，凸显了病毒在调控全球海洋碳、氮、硫循环中的功能作用。在部分地表淡水环境中，也观察到了类似的现象。尽管如此，病毒在许多其他环境中的多样性、功能和生态影响在很大程度上仍是未知的。地下水作为一

2026-03-17 00:48:48 535

原创从高山冰川向下游扩散的Polaromonas进化辐射

生态或生境转换，例如植物登陆、海洋与淡水环境间的转换，是整个生命树演化的重要驱动力。与真核生物相比，细菌生境转换的记录及其对生态和进化的重要性研究有限，主要集中在如海洋-淡水分离、土壤和水生生态系统、宿主关联生活方式或内共生事件等少数事件上。细菌的生境转换通常与由基因组精简化和水平基因转移介导的功能适应相关。尽管生境转换对细菌生态和进化有重要影响，但其基因组基础如何与当今优势细菌类群的成功相关联，在总体上仍研究不足。高扩散能力、代谢多样性、应激耐受、摄取外源DNA的能力以及允许适应的大量基因库，是成功生境转

2026-03-16 09:50:37 350

原创北极溪流沉积物微生物氮循环基因的空间与时间变异性

在格陵兰的季节尺度上，多数氮功能基因的丰度未显示显著时间变化，仅nxrB基因的相对丰度在初夏高于夏末，而nirS和nosZ基因的绝对丰度在夏末有所升高。北极的“绿化”、生长季延长以及永久冻土融化，预计将增加陆地有机质和养分向溪流的输送，从而可能提升微生物的整体丰度和活性，增强溪流内部对氮的转化与移除能力。在格陵兰，两个具有独特地球化学特征（低pH、高电导率、高铵）的溪流（J1, J2）拥有显著不同的原核生物群落，富含铁氧化菌和硫氧化菌，这揭示了地质背景和潜在的酸性岩石排水过程对微生物群落的强烈选择作用。

2026-03-16 09:50:18 461

原创 GSVA：基因集变异分析

基因集变异分析 (GSVA) 通过将输入的基因×样本表达数据矩阵转换为相应的基因集×样本表达数据矩阵，从而提供通路活性的估计。生成的结果表达数据矩阵随后可用于经典的差异表达、分类、生存分析、聚类或相关性分析等方法，进行通路中心的分析。人们还可以在通路与其他分子数据类型（如 microRNA 表达或结合数据、拷贝数变异 (CNV) 数据或单核苷酸多态性 (SNPs)）之间进行样本间的比较。GSVA 包为以下方法提供了实现：plage。

2026-03-10 11:21:44 775

原创全球公共交通系统气溶胶微生物群落的时空格局

此外，参考数据库的偏差、低生物量样本中外源污染物的影响，以及测序深度不足、读段分类参数宽松等问题，都阻碍了物种水平多样性解析的准确性。本地核心的物种数量从丹佛的8个到伦敦的69个不等，并以细菌为主，真菌数量从丹佛的1种到斯德哥尔摩的5种不等。UMAP分析的β多样性结果显示，样本按城市呈现清晰的聚类模式，年份的影响较小，这表明夏季月份的基础气溶胶生态位在年际间相对稳定。根据先前研究定义，计算了全球和本地层面的“核心”（在>97%的样本中出现）和“亚核心”（在70-97%的样本中出现）公共运输气溶胶微生物组。

2026-03-10 11:20:53 374

原创 moiraine：面向可重复性及多方法比较的多组学集成分析R包

结果显示，各方法的第一个潜在维度在样本趋势上高度相似，但驱动这些趋势的特征排序并不完全一致，部分原因是方法本身进行的特征选择（除MOFA外）会将大多数特征的权重置零。此外，比较了MOFA和DIABLO对代谢组数据特征的重要性评分排序，发现二者高度一致（如柠檬酸、乙酸和D-甘露糖得分最高），但对某些SNP和转录本的评分存在差异，这反映了有监督（DIABLO）与无监督（MOFA）方法目标的不同。更重要的是，moiraine引入了一个共识重要性评分，用于汇总不同集成方法的结果，以获得对组学特征的稳健优先级排序。

2026-03-04 11:45:10 374

原创 BAQLaVa：高分辨率病毒群落分析的新框架，基于宏基因组与宏转录组数据

为了满足对高灵敏度、高特异性病毒谱分析的需求，作者开发了BAQLaVa算法，它整合了大规模病毒参考数据库，可直接从宏基因组或宏转录组数据中对病毒进行物种级量化，为病毒组流行病学和病毒-宿主相互作用的系统性分析提供了可扩展的框架。在菌群失调状态下，病毒多样性进一步下降。菌群失调状态下，多个特征与溶原性向裂解性转换的假说相符，包括噬菌体编码的流产感染抗防御系统（如AbiL和PD-λ-2）、整合酶相关DNA结合结构域以及DNA腺嘌呤甲基化酶等基因的富集，表明在肠道炎症期间存在广泛的噬菌体诱导和加剧的病毒竞争。

2026-03-04 11:44:42 661

原创细菌残体循环通过资源分配促进细菌群落多样性维持｜NEE

研究发现，细菌残体循环通过提供多样化的营养生态位，支持了土壤中丰富的细菌残体分解菌群（necrobiome）的存在。研究发现，不同残体组合维持的NDCs在物种组成上存在显著差异（PERMANOVA，F42,214 = 9.71，P = 0.0001），其组成差异与残体产生组合的组成异质性、系统发育距离和功能基因组成差异呈正相关。通过分析物种在单物种残体中的出现情况，研究发现78.1%的常见物种（相对丰度≥0.1%）仅在少于4种单物种残体中出现，表明大多数物种为残体利用的专性菌。

2026-02-25 00:30:50 605

原创 SPIRE与gcMeta：两大全球微生物组资源数据库

gcMeta对极端环境（酸性、寒冷、炎热、高压、盐碱）的五种MAG目录进行了比较分析，共获得2,680、4,375、4,003、5,342和3,487个物种水平代表性基因组，涵盖147个细菌门和19个古菌门，其中超过60%为新物种。gcMeta通过整合全球宏基因组样本和MAG数据，提供了最大的生物群落特异性MAG目录集合，建立了跨目录比较框架，用于微生物群落、关键类群和功能库的比较，同时揭示了大量未知物种和新基因。两者均通过精心策展的元数据、基因组和基因，提供了用户友好的访问、搜索、浏览、分析和下载工具。

2026-02-25 00:30:18 919

原创地球CNPS元素循环功能基因数据库

除了本文构建的CCycDB外，针对氮（N）、磷（P）、硫（S）、甲烷（CH₄）等关键元素的循环过程，研究人员已开发了一系列专门化的数据库。针对这一挑战，研究人员系统性地构建了CNPS与甲烷循环功能基因数据库系列，包括NCycDB（氮循环）、PCycDB（磷循环）及相应的碳、硫、甲烷循环数据库。这些专门化的数据库与CCycDB共同构成了一个强大的工具集，使得研究人员能够从宏基因组数据中更精确地挖掘微生物在元素循环中的功能潜力，为理解全球生物地球化学循环的微生物机制提供了重要的数据基础。

2026-02-20 20:35:04 1047

原创气候变化与抗菌药物耐药性：关联机制与应对策略

研究表明，58%的人类致病性疾病对气候变化敏感，通过千余种传播途径（媒介传播、水源性、气源性等）加剧疾病负担。气温升高不仅增加感染风险，还直接关联耐药性发展。低收入国家需平衡抗生素管控与可及性，减少50%全球用量仅能降低AMR 2.1%，而结合卫生系统改善的综合策略效果提升至5.1%。研究表明，细菌为适应高温进化出的RNA聚合酶突变，可同时导致对利福平的交叉耐药，提示气候适应可能驱动AMR进化。热耐受性虽不直接导致耐药，但增强环境存活能力，配合农业唑类杀菌剂使用，形成"环境选择-临床传播"恶性循环。

2026-02-20 20:34:42 666

原创基因组污染可能高估水平基因转移（HGT）推断｜NC

研究人员下载了原始研究中用于确认新ARG传播的所有182个SRA测序数据，通过严格的生物信息学分析发现，其中绝大多数样本存在严重的基因组污染问题。进一步分析显示，所有在葡萄球菌科和链球菌科中检测到的水平转移基因均源于细菌污染或实验室诱导的定向整合，而非自然发生的基因转移事件。该研究报道了高达66%的验证率，包括多个跨门水平的ARG转移事件，如典型的葡萄球菌基因blaZ在肠杆菌科分离株中的检测。关键发现是，在所有被污染的SRA数据中，携带ARG的重叠群其测序深度与污染菌的深度范围一致，而非预期物种。

2026-02-11 00:26:34 572

原创 metaTraits：微生物表型性状信息的大规模整合平台

微生物表型性状是理解其生态功能、生理特性及环境适应的关键，然而相关数据长期分散于多个数据库，且难以覆盖大量未培养微生物。有时候我们想知道一些微生物的表型形状如细胞形态（如形状、大小和革兰氏染色）、生理特性（如运动性和孢子形成）、代谢与酶活性、环境偏好（如温度、盐度和氧耐受性）以及生活方式类别等，需要手动查询并整理。metaTraits作为一项统一的资源，整合了培养来源的性状数据与基因组预测结果，覆盖超过220万微生物基因组及140余种标准化性状，显著提升了微生物性状数据的可及性与互操作性。

2026-02-11 00:26:14 755

原创 BiG-SCAPE 2.0与BiG-SLiCE 2.0：代谢基因簇聚类分析工具的重大升级

工具新增四种工作流程：核心聚类流程（BiG-SCAPE Cluster）、去冗余流程（BiG-SCAPE Dereplicate）、查询流程（BiG-SCAPE Query）和基准测试流程（BiG-SCAPE Benchmark）。对antiSMASH DB v4.0（含26万个基因簇）的分析显示，BiG-SCAPE 2.0（原型簇记录）与BiG-SLiCE 2.0分别生成26,260和25,955个GCFs，结果高度一致。例如，局部比对模式对结构微变异的识别能力更强，而全局模式更适合边界明确的数据集。

2026-02-05 11:10:20 886

原创多组学揭示融雪期土壤微生物水华相关的氮动态

融雪是高海拔流域氮素河流输出的主要时期，也是一个关键的生物地球化学热点时刻。融雪标志着从冬季到春季的过渡，伴随着土壤温度升高和植物初级生产力增加。这些环境变化也引发了土壤微生物组的季节性演替。例如，在季节性积雪的生态系统中，融雪期间会发生显著的微生物水华，固定土壤氮，随后微生物生物量崩溃，导致土壤氮脉冲式释放。尽管在不同生态系统类型中均观察到此现象，但驱动土壤微生物水华的代谢过程尚不明确。融雪后从流域输出的无机氮主要来源于微生物硝化作用，这意味着与融雪相关的土壤微生物水华和崩溃对生态系统氮输出具有贡献。全球

2026-02-05 11:09:58 713

原创多年冻土融化梯度下DNA病毒种群生态学及生物地球化学意义｜NC

对参与甲基营养和乙酸转化的AMGs的检测，结合这些代谢途径在沼泽中的生态重要性，突出了病毒在调节生态系统生物地球化学循环中的潜在作用。这篇研究沿多年冻土融化梯度（包括完整冻土、部分融化的沼泽和完全融化的芬诺）采集20个样本，应用优化的病毒颗粒富集和工作流程，鉴定出9,963个病毒种群（vOTUs），其中99.9%相对于其他土壤病毒为新发现。值得注意的是，参与碳循环的AMGs尤其丰富，包括59个糖苷水解酶（GHs，属于9个家族）参与纤维素和半纤维素降解，以及45个与单糖降解和短链脂肪酸代谢相关的基因。

2026-01-29 23:05:12 833

原创真核生物起源中阿斯加德古菌的主导贡献|Nature

真核细胞的起源是进化生物学的关键问题之一。研究证实，最后一个真核生物共同祖先（LECA）已经拥有线粒体——一种源自α-变形菌的内共生细胞器，而阿斯加德古菌（目前归类为Promethearchaeota门）的发现则为了解真核生物的演化提供了重要线索。Tobiasson, V., Luo, J., Wolf, Y.I. et al. Dominant contribution of Asgard archaea to eukaryogenesis. Nature (2026). https://doi.org/

2026-01-29 23:04:39 612

空空如也

空空如也