Asa12138的博客

嗜冷微生物通过一系列结构和功能适应，克服低温带来的各种生存限制，使其能够在低温特殊环境中繁衍生息。

整理和分析文献信息的相关R包和代码。

R语言是平时统计分析，科研绘图的利器，除了很多非常严肃标准的可视化外，还经常可以看到一些非常有趣的绘图R包，不得不佩服开发者们的创意。

ggh4x包是ggplot2的扩展包，提供了一些实用函数，这里简要介绍一下。

一些常用的功能基因预测/注释通用工具介绍。

学习病毒相关内容，包括病毒的分类、结构、功能等。

群体遗传学基础学习笔记。

InStrain是一个用于微生物群体分析的软件包，它可以从微生物群体中提取遗传多样性，并对其进行可视化。本文介绍了InStrain的安装和使用方法，如何使用InStrain进行宏基因组群体分析。

实验室通过热水冲泡一次性纸杯释放的微塑料研究，系统揭示了日常生活中真实来源的孕期微塑料暴露，对生殖和代谢性能的影响和调控机制。

病毒的分类注释一直是个难题，PhaGCN2/vConTACT2基于病毒基因组间共享的蛋白质簇（PCs）构建的基因共享网络来进行分类注释，这里简要介绍一下用法。

OrthoFinder是一款用于系统发育直系同源推断的软件，本文将简单介绍OrthoFinder的安装和使用方法。

Zotero 7.0正式版上线，带来了许多新功能，更方便地管理和阅读文献。

细菌和古菌等微生物与病毒(噬菌体)之间的生存之战是一场“军备竞赛”。噬菌体进化出特异性的anti-CRISPR来抵抗CRISPR-Cas系统的免疫。

CRISPR-Cas 系统的一些基础知识和宏基因组相关研究进展。

基因组规模代谢模型（GEM）是通过整合基因组数据、代谢途径和生化反应信息，模拟和分析生物体代谢网络的一种强大工具，这里简单介绍一下。

了解细菌在各种环境中的生长动态对于各类研究都很重要，本文主要介绍从宏基因组数据推断细菌生长速率的方法和简要应用。

METABOLIC是一款基于微生物群的生物化学分析软件，能够预测任何给定基因组数据集的代谢和生物地球化学功能性状特征。

conda从23.10.0 版本开始默认求解器更改为 `conda-libmamba-solver`，速度快了很多。

微信公众号平台基本所有的模块只能手动选择至多90天的数据，想了一个笨方法来做公众号长期数据统计。

我将常用的各种函数整成了一个包：pcutils，包含各种绘图方法，这里介绍一下绘制Venn图及其变换，如Euler图，花瓣图，Upset图，Venn网络图等。