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RSS订阅原创 呼吸道病毒共感染：相互作用、机制及临床意义
该文章系统梳理了呼吸道病毒共感染领域的研究进展，从群体、宿主和细胞层面深入剖析了异源呼吸道病毒间的相互作用，及其对病原体流行率和疾病严重程度的影响，为未来呼吸道病毒感染的防控策略提供了重要参考。
2025-10-08 15:25:30
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原创 微生物次生代谢产物：加速从发现到应用的研究进展
在Nature Reviews Microbiology期刊发表的题为“Microbial secondary metabolites: advancements to accelerate discovery towards application”的综述文章，系统阐述了微生物次生代谢产物研究领域的最新进展，为推动该领域从基础研究走向实际应用提供了全面且深入的参考。
2025-10-08 15:25:07
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原创 宏转录组学揭示人体皮肤微生物活性图景（宏转录组分析参考）
研究团队开发了一套稳健的皮肤宏转录组学工作流程，通过优化采样、提取、rRNA去除、污染过滤及功能分类，解决了皮肤微生物生物量低的难题。该流程与宏基因组学联合应用，可实现转录活性标准化并捕捉菌株差异，且基于拭子的无创采样适用于多部位与大规模临床研究，不过在低生物量部位（如肘前窝）仍需优化以减少核酸损失。计算流程虽提供了重要功能见解，但需进一步与HuMAnN3等工具 benchmarking。
2025-10-02 20:46:19
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原创 全球公共交通系统空气病毒特征（宏基因组病毒分析参考）
因此，该研究分析全球六个城市（丹佛、香港、伦敦、纽约、奥斯陆、斯德哥尔摩）公共交通系统空气样本的503个宏基因组，旨在明确空气传播病毒的多样性、组成及功能潜力，探究病毒与宿主的CRISPR-Cas系统和Acr蛋白协同进化，以及病毒生活方式与宿主丰度的关系，并假设病毒生物学特征具有生物地理分布模式，且病毒-宿主相互作用受建筑环境条件影响。此外，在511个vOTUs中识别出1247个假定AMGs，147个可与体内宿主关联，携带AMGs的vOTUs中53.3%为毒性型，31.9%为温和型。
2025-10-02 20:45:10
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原创 抗菌肽（AMP）的结构，功能和应用；相关数据库及预测方法
在人类与病原体的长期对抗过程中，微生物耐药性已发展为全球性公共卫生挑战。传统抗生素的不合理使用导致大量致病菌产生耐药性，而抗菌肽（Antimicrobial Peptides, AMPs）凭借独特的分子结构与作用机制，成为新一代抗感染治疗策略的重要研究对象。AMPs 广泛存在于各类生物体内，长度多在 10-100 个氨基酸残基之间，主要通过破坏细菌细胞膜完整性发挥作用，且耐药性进化率低、与传统抗生素交叉耐药性弱。这里我们先介绍一篇最新的AMP相关综述，然后介绍一下相关数据库和生信预测方法。2025年发表于《
2025-09-24 17:34:46
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原创 基因组视角下的地球生物群落：微生物研究综述
2017年，Woyke等人阐述了微生物单细胞测序的发展轨迹，该技术能够从复杂环境中分离单个微生物细胞并进行基因组测序，避免了传统培养方法的局限，为研究未培养微生物提供了有力工具。2024年，Agustinho等人和Kim等人分别综述了长读长测序技术在宏基因组研究中的应用，该技术可生成更长的DNA序列读数，提高了基因组组装的完整性和准确性，助力更精准地解析微生物基因组结构。总之，基因组中心方法为微生物研究带来了革命性的变化，极大地推动了我们对地球生物群系中微生物多样性、功能和进化的认识。
2025-09-24 17:34:01
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原创 用 MDSINE2 解析微生物组生态系统尺度动态变化｜Nature Microbiology
MDSINE2是一种创新的微生物组动态建模工具，通过贝叶斯框架和广义Lotka-Volterra模型，解决了微生物组研究中的关键挑战。其核心创新包括：1）自动聚类微生物为功能模块，减少模型复杂度；2）整合多模态数据并建模噪声；3）量化生态系统稳定性和关键物种。研究团队通过高分辨率小鼠实验数据验证了工具性能，发现模块化网络结构和特异性扰动响应等生物学规律。MDSINE2提供Python包和命令行接口，支持从数据预处理到动态网络推断的全流程分析，为微生物组生态机制研究提供了强大工具。
2025-09-14 21:26:20
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原创 使用 LexicMap 实现百万级原核生物基因组高效序列比对 | NBT
发表于《Nature Biotechnology》的这项研究，针对大规模基因组比对的核心痛点，设计了一套兼顾速度、内存与准确性的解决方案。研究团队通过优化序列草图生成、种子匹配与索引构建流程，开发出LexicMap工具，并在多个百万级基因组数据集上验证了其性能优势。
2025-09-14 21:14:29
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原创 土壤微生物组对极端气候事件的响应模式
2025年Nature环境微生物研究揭示土壤微生物对极端气候事件的响应模式。一项泛欧洲研究发现，干旱、洪水、冻结和高温等极端事件会引发微生物群落高度一致且系统发育保守的响应，其中高温显著降低多样性并诱导休眠机制。研究还发现微生物响应强度可通过土壤原生环境预测，为全球气候变化下的生态风险评估提供了新框架。该研究通过统一实验设计和多组学分析，建立了土壤微生物对极端气候冲击的普适响应模型。
2025-08-19 14:15:39
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原创 功能机制定义土壤微生物组对环境变化的响应
土壤微生物组的代谢活动在全球养分循环中起着核心作用。理解土壤代谢活动如何响应气候驱动的环境扰动是一个关键挑战。然而，土壤的生态、空间和化学复杂性阻碍了本文对这些群落如何响应扰动的理解。微生物组代谢响应环境变化的机制问题，由于自然微生物组的复杂性而变得尤为困难。这种复杂性在土壤中表现得最为明显，土壤具有巨大的分类多样性、空间异质性和化学多样性环境。传统的大规模调查方法通过量化野外环境变化、群落组成和代谢过程之间的相关性来研究这个问题。
2025-08-05 11:00:57
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原创 北美河流微生物组功能数据库（GROWdb）
学习一些2025年最新的Nature环境微生物研究文章，了解一下当前较新的研究思路和方法。这篇文章跟上一篇那个类似，采样贡献很大，同时有数据资源性贡献。然后测了宏基因组+宏转录组（所以可以自信的说功能数据库），还提出了河流连续体概念（这种思想可以借鉴）。最终也是没有做验证实验发表在Nature上。
2025-08-05 10:56:44
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原创 冰川补给溪流中细菌微生物组的多样性和生物地理学
学习一些2025年最新的Nature环境微生物研究文章，了解一下当前发在顶刊的较新的研究思路和方法。
2025-07-31 16:13:28
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原创 有关Rarefaction的探讨，一篇10年前的文章
这篇文章探讨了微生物组数据分析中常用的稀释（rarefying）方法的缺陷，并提出了使用更合适的统计模型。
2025-07-25 11:45:26
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原创 预印本｜MetaNet: a scalable and integrated tool for reproducible omics network analysis
MetaNet是一个用于组学网络分析的R包，提供了多种功能，包括网络构建、可视化、比较和稳定性分析等。最近我把MetaNet的预印本放到了bioRxiv上，欢迎大家阅读和使用。网络分析是揭示高通量组学数据集中复杂关系的有力策略。然而，现有工具通常在可扩展性、灵活性以及多组学整合的原生支持方面存在不足，这为探索复杂生物网络设置了重大障碍。为突破这些限制，我们开发了MetaNet——一个高性能R语言软件包，专为多组学数据集的生物网络构建、可视化与分析而设计。
2025-07-06 11:24:18
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原创 MaAsLin 3：微生物组多变量关联分析
MaAsLin 3是一个强大的微生物组多变量关联分析R包工具，提供了同时检测丰度和存在性关联的能力，并引入了创新的组成性校正方法。
2025-07-06 11:23:38
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原创 中介分析与结构方程模型（SEM）学习
中介分析是一种统计方法，用于研究自变量(X)通过一个或多个中介变量(M)影响因变量(Y)的机制。本文介绍了中介分析的基本概念和R语言中的实现方法，并探讨了结构方程模型（SEM）的应用。
2025-06-27 09:57:19
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原创 在低生物量微生物组研究中预防和报告污染｜Nature Microbiology指南
我们实验室经常处理低微生物生物量样本（如宿主相关的呼吸道，阴道等微生物组，或是环境相关的沙子，冻土等微生物组），最近看到Nature Microbiology发表了一篇关于低微生物生物量样本污染的指南。
2025-06-27 01:13:28
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5原创 Rstudio换皮：自定义彩虹括号与缩进线
RStudio从1.2版本开始支持用户自定义主题，提供了两种格式选择：tmTheme和rstheme。tmTheme格式tmTheme是一种基于XML的主题描述格式，最初由TextMate文本编辑器引入。在RStudio中，当添加tmTheme文件时，系统会先将其转换为rstheme格式再保存到本地。rstheme格式rstheme是基于CSS的主题格式，专为RStudio设计。虽然可以直接从头编写rstheme，但由于包含大量生成值，建议通过修改现有rstheme或从tmTheme转换而来。
2025-05-18 18:15:12
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原创 论文作者和单位太多？如何快速整理和修改
所以我简单写了一个R函数，实现从整理好的作者-单位表格中自动生成符合规范的作者-单位 Rmarkdown文件，然后点击一下knit就可以生成对应的word文件，上标也不需要自己手动设置。但现在的研究更多都是交叉性质的，可能会涉及到很多课题组合作，一些大的研究可能还会有几十个作者和单位，比如下面一篇cell，一页纸都写不完。SCI论文投稿时，我们要整理好作者和对应的单位，一般用数字上标对应下面的单位信息，然后用一些特殊符号如“#，*”来代表贡献相同的作者或者通讯作者。一次手打完，不改了就还好，
2025-05-06 22:06:23
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原创 Critical Care: ICU医护人员肠道抗生素耐药基因显著增加
这项多中心研究揭示了ICU医护人员肠道ARG丰度和微生物群多样性的显著升高，提示职业暴露可能是重要驱动因素。
2025-05-04 15:15:41
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原创 宏基因组分箱（binning）｜4. DAS Tool优化binning结果
DAS Tool是一种自动化方法，能够整合多个已有的分箱算法的结果，生成优化的、非冗余的高质量的bins。
2025-04-24 10:34:59
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原创 MetaNet：多组学网络分析工具｜7.网络模块分析
模块（module）或社区（community）是指网络中连接更为紧密的子图结构，这些模块通常代表功能相关的节点群组。
2025-04-20 16:15:14
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原创 MetaNet：多组学网络分析工具｜6.网络拓扑指标分析
网络拓扑（Network Topology）是指网络中节点与边的连接模式所呈现的全局或局部结构特征。
2025-04-20 16:14:55
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原创 SQLite使用基础以及在R中操作数据库
在生物信息学分析中经常会碰到db文件，掌握数据库的基本操作，不仅有助于数据存储，还能提高数据查询和处理的效率。
2025-04-13 20:36:26
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原创 MetaNet：多组学网络分析工具｜1.基础介绍
网络分析是各种组学数据分析的重要组成部分，我在生信学习过程中写了个R包MetaNet用于多组学网络分析，这里先简单介绍一下。
2025-04-11 00:43:58
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原创 功能基因探索：木质纤维素（lignocellulose）降解
木质纤维素（lignocellulose）是一种由纤维素（cellulose）、半纤维素（hemicellulose）、果胶（pectin）和木质素（lignin）等聚合物组成的复合物，生物体通过多种方式降解木质纤维素。
2025-03-20 11:04:26
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