绘制三线表_R语言_临床资料基线表的绘制(1)

本文介绍了如何使用R语言的survival和tableone包来绘制临床资料的三线表。首先,通过过滤缺失值和转换分类变量为因子型变量进行数据预处理。接着,对数值型变量进行正态性检验。然后,利用tableone包创建三线表,针对非正态分布数据和需用Fisher精确检验的变量进行特殊处理,最后将结果保存为Excel文件供进一步编辑。

#这段时间在整理变量众多的临床数据,为了提高效率,复习了一下之前学到的R语言绘制临床资料基线表的R代码,并以飨各位。为什么说(1),以为后面还会适时补充单因素和多因素R语言分析的代码。

##临床资料基线表--三线表

rm(list = ls())

library(survival)

data("pbc")##使用survival包自带的数据集

##step 1.过滤缺失值

sapply(names(pbc), function(x)sum(is.na(pbc[x])))

pbc<-na.omit(pbc)

sapply(names(pbc), function(x)sum(is.na(pbc[x])))

acef24f7ed0227a75ddbda7c5441c82c.png

##2.数据类型

str(pbc)

##将分类变量转换为因子型变量

factorVars<-c("status","trt","ascites","hepato","spiders","edema","stage")

pbc[factorVars]<-lapply(pbc[factorVars],factor)

str(pbc)

a8fd5fbe3668574fdad3304c89f7df0f.png

##3.数值型变量的正态性检验

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