用HTML绘制三线表,R语言-临床三线表

自动生成临床三线表

按照流行病学和相关领域的标准做法是，期刊文章的第一张表格，我们通常称为“表1”，是一份表，列出按暴露程度分层的研究人群基线特征的描述性统计数据。这个包使得使用R生成这样一个表相当简单。输出格式是html(它的优点是很容易复制到Word文档中；Chrome浏览器工作得很好)。

实际上这个包还能够对表格有更多定制的功能，但这样用起来爽是需要代价的，更多的代码与CSS知识

官方文档参考资料(https://benjaminrich.github.io/table1/vignettes/table1-examples.html)

R包table1

if(!require(table1)) install.packages("table1",ask=F,update=F)

## Loading required package: table1

## Warning: package 'table1' was built under R version 3.6.1

##

## Attaching package: 'table1'

## The following objects are masked from 'package:base':

##

##     units, units

require(table1)

Example1

使用boot包中的自带数据

melanoma数据集

library(boot)

## Warning: package 'boot' was built under R version 3.6.1

melanoma2 

head(melanoma)

##   time status sex age year thickness ulcer

## 1   10      3   1  76 1972      6.76     1

## 2   30      3   1  56 1968      0.65     0

## 3   35      2   1  41 1977      1.34     0

## 4   99      3   0  71 1968      2.90     0

## 5  185      1   1  52 1965     12.08     1

## 6  204      1   1  28 1971      4.84     1

dim(melanoma)

## [1] 205   7

## input melanoma是一个数据框

## 对我们感兴趣的变量因子化

melanoma2$status 

factor(melanoma2$status,

levels=c(2,1,3),

labels=c("Alive", # 第一个作为参考组

"Melanoma death",

"Non-melanoma death"))

可以来绘制一个表格试试，意思就是以感兴趣的因子作为分类status，同理这个status可以是任意大家感兴趣的变量。

格式为~感兴趣的基线变量|感兴趣的分类变量,data

table1(~ factor(sex) + age + factor(ulcer) + thickness | status, data=melanoma2)

image.png

这样的表格已经可以了，但仍然可以改进

基线分类变量sex，ulcer没有很好的label，基线的连续型变量可以指定单位units,下面来improve

## 给分类变量sex指定标签

melanoma2$sex