蛋白质的三维结构决定了蛋白质的功能,施一公老师在15年发表的几篇重量级的文章都是关于蛋白质三维结构解析的。我们今天不介绍如何通过实验得到蛋白质三维结构,今天我们介绍如何查看已有的蛋白质三维结构。
1 我们首先下载蛋白质三维结构查看软件pyMol(http://www.keyangou.com/tools/software/),下载后直接安装,注意路径名不能有中文。
2 接下来我们去哪里找三维结构呢?可以上ncbi的数据库structrue,我们搜索p53,打开如下页面:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?uid=103701
格式选择PDB格式,然后点击View structure,保存在本地硬盘上,注意保存路径也不要有中文。
3 我们打开刚才安装好的pymol,界面如下:
主要分为两个部分,上面的是命令行区域,下面黑色的是显示区域。
4 我们通过“File->open”打开刚才下载的PDB文件:
5 上面的图一点都不好看。我们在命令行里面输入“show cartoon”,意思是显示动画,就是我们经常看到的三维结构了:
6 上面的图像看上去太杂了,我们简化处理,我们把线条隐藏,输入命令“hide lines”
7 输入不同的命令行会有不同的显示方式。(每次输入命令行之前最好输入”hide all” 清除先前的效果)。
Show spheres
show mesh
show surface
8 我们可以标记我们自己感兴趣的氨基酸,比如我们想标记里面所有的亮氨酸为红色
Color red,resn leu
9 当然我们还可以用来做动画:
依次输入命令:
mset 1 x30
util.mrock(1,30,60,1,1)
set ray_trace_frames=1
set cache_frames=1
mplay
mpng mov
10 上面都是截图,效果不是太好,我们想得到一张清晰的图片,可以使用命令:
ray
png E://abc.png
上面就是将当前视图渲染到 E盘的abc.png中