
通过前面的学习,对SagA蛋白的同源序列、结构和功能等都有了一定的认识,按耐不住要做实验了吗? 莫急,我们再深入分析,让论文的内容更丰富、图片更漂亮、预测的功能更精准,吊打那帮不共戴天的审稿人!
1、三维结构检索PDB 网址:
https://www.rcsb.org/ 。这个数据库我们之前也为大家介绍过,可参考 蛋白质结构研究入门,你都知道吗(上)? ; 来源于两篇35分nature子刊的网站,全面而实用! ; 怎么查询蛋白质的全部信息-- UniProKB数据库 三维结构图可以用于与其他功能相关蛋白进行三维比较,也能用于后期做分子对接。 三维结构图可以分分钟让文章高大上。

输入蛋白名称,如果有三维结构解析,将看到结果,下载使用即可。此处三维结构已经指明了SagA是一种肽聚糖水解酶。

2、三维结构及功能位点预测
Phyre2:
http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index 如果PDB数据库没有收录蛋白三维结构,则可以用Phyre2进行预测。 在检索界面中输入蛋白序列,默认值检索即可。