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BLAST和FASTA应用【荐】.pdf

/cab/xueyuanxiashubumen/nx/bioinplant.htm 《生物信息学札记》 樊龙江

第三节 数据库相似性搜索引擎——BLAST 和 FASTA 应用

一. 数据之海与一叶轻舟

《科学》(science)杂志在 2001年2月16 日的人类基因组专刊(NO.5507)上

发表了一篇题为“生物信息学：努力在数据的海洋里畅游”的文章，文章写到：

“我们身处急速上涨的数据海洋中…我们如何避免没顶之灾？”一条可靠的办法

可能是赶紧找到“一叶轻舟”，而且在轻舟上装上先进的电子设备，诸如卫星定

位系统．卫星信息传输系统等等……BLAST 和 FASTA 便是这样的一条 “轻舟”往

来穿梭，速度奇快。

大多数研究目前都通过国际互联网 Internet 应用 NCBI 研制的 BLAST 程序

(Basic Local Alignment Search Tool)来进行DNA 和蛋白质序列相似性搜索。

用一组 BLAST 程序联配可以快速进行核酸和蛋白质序列库的相似性检索。采用

BLAST 的基本算法编成了若干各不同的程序，分别使用特定的序列库和用于特定

类型的输入序列。BLASTN 是在核苷酸序列库搜索核苷酸序列。BLASTP 是在蛋白

质序列库中搜索氨基酸序列。TBLASTN 则可以在核酸序列库中搜索氨基酸序列，

此时序列库在搜索之前要按所有 6 种读框即时翻译。与此相反的一项分析则由

BLASTX 来完成，它要将所输入的核酸序列按所有 6 种读框翻译，然后再以之搜

索蛋白质序列库。近期Altschul S.F.等人(1997 )提出了一个通过寻找蛋白质家</