想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件:
1-生物信息学:导论与方法 北大\10 生物信息数据库及软件资源
一个优秀的生信开发者能够解决如下问题:
- 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题?
- 如何将该问题转化为一个可计算的问题?
- 如何提出一个解决此问题的算法?
- 如何实现该算法?
- 如何评估算法?
生信工具使用者需要解决如下问题:
- 每个方法解决的是哪个生物学问题?
- 该方法有哪些基本的假设?
- 每个参数是什么意思,都是用来干什么的?
- 准确度评估,sensitivity and specificity,tradeoff,应该追求哪一个?
- 生物学问题和方法的局限性?
生信资源的分类:
- 集中资源&独立资源
- 数据库&软件工具
- 原始数据库&二级数据库
- 命令行工具&网页服务器工具