生物信息大数据&数据库(NCBI、EBI、UCSC、TCGA)

这篇博客介绍了生物信息学中的重要数据库,包括NCBI、EBI和UCSC等集中资源,以及在癌症研究中的应用,如TCGA项目。内容涵盖了数据库的作用、生信开发者和使用者应关注的问题,以及如何将生物学问题转化为计算问题。此外,还提到了DNAnexus作为独立资源在癌症数据重分析中的角色。
摘要由CSDN通过智能技术生成

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件:

1-生物信息学:导论与方法  北大\10 生物信息数据库及软件资源

一个优秀的生信开发者能够解决如下问题:

  • 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题?
  • 如何将该问题转化为一个可计算的问题?
  • 如何提出一个解决此问题的算法?
  • 如何实现该算法?
  • 如何评估算法?

生信工具使用者需要解决如下问题:

  • 每个方法解决的是哪个生物学问题?
  • 该方法有哪些基本的假设?
  • 每个参数是什么意思,都是用来干什么的?
  • 准确度评估,sensitivity and specificity,tradeoff,应该追求哪一个?
  • 生物学问题和方法的局限性?

生信资源的分类:

  • 集中资源&独立资源
  • 数据库&软件工具
  • 原始数据库&二级数据库
  • 命令行工具&网页服务器工具

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