用GDCRNATools下载TCGA数据,以TCGA-STAD为例下载RNAseq
1)数据下载,gdcRNADownload()函数
###########用GDCRNATools下载TCGA数据###########
#设置镜像
rm(list=ls())
options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
#意思是,如果没有安装BiocManager包,那就安装BiocManager
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#安装GDCRNATools
BiocManager::install("GDCRNATools")
#加载GDCRNATools
library(GDCRNATools)
#下载方式一:指定gdcRNADownload()函数中的参数data.type和project.id
#gdcRNADownload()函数将下载 HTSeq Counts data只需通过指定参数data.type='RNAseq'和project.id。
#gdcRNADownload()函数将下载BCGSC miRNA Profiling data 只需通过指定参数 data.type='miRNAs'和project.id。
#下载TCGA-STAD数据#
gd