oracle中prad函数_R中用GDCRNATools包下载TCGA数据

用GDCRNATools下载TCGA数据，以TCGA-STAD为例下载RNAseq

1)数据下载，gdcRNADownload()函数

###########用GDCRNATools下载TCGA数据###########

#设置镜像

rm(list=ls())

options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")

#意思是，如果没有安装BiocManager包，那就安装BiocManager

if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

#安装GDCRNATools

BiocManager::install("GDCRNATools")

#加载GDCRNATools

library(GDCRNATools)

#下载方式一：指定gdcRNADownload()函数中的参数data.type和project.id

#gdcRNADownload()函数将下载 HTSeq Counts data只需通过指定参数data.type='RNAseq'和project.id。

#gdcRNADownload()函数将下载BCGSC miRNA Profiling data 只需通过指定参数 data.type='miRNAs'和project.id。

#下载TCGA-STAD数据#

gd