上期介绍了若干种获取TCGA数据的方法,今天这期会落点于TCGA2STAT这个R包的介绍上,一步步的来说明下载方法,哪些数据是可以下载到的。
R包的下载
install.packages("TCGA2STAT")
选择如何的镜像,咱们在中国,就选择china,这样的话下载速度会很快,也容易安装R包成功。
可下载的数据
1、 RNASeq ,默认是count类型,是指下载raw read counts数据。可以改为RPKM,是指下载normalized read counts数据 (reads per
kilobase per million mapped reads)。
2、RNASeq2,是指来自the second pipeline的RNASeq基因数据。
3、miRNASeq,默认为count,是指下载raw read counts数据;可以改为rpmmm,是指下载normalized read counts。
4、Mutation,默认为smoatic,是指non-silent somatic mutations 数据;改为all,表示为all mutations数据。
5、Methylation,默认为来自p