report builder打印设置_材料分子动力学模拟的基本设置

介绍

所谓分子动力学(MD)模拟，是在预先确定条件下(比如温度，压力，应力，外力等等)模拟原子和分子运动的一种方法。分子动力学模拟可以用来研究纳米尺度下的动力学过程，还可以用来计算相图、扩散系数和各种响应函数等诸多性质。

QuantumATK可以使分子动力学模拟变得非常简单：只需要向构型(configuration)添加所需的计算器(calculator)和分子动力学模块(MolecularDynamics block)，就可以开始计算了。对于不同类型的模拟，什么样的参数和设置是最合适的，在这里给出了一些指导方针。本文简要介绍 QuantumATK 中分子动力学(MD)功能，并且一步步的解释了如何正确地设置模拟过程以得到想要的结果。

提示

要了解使用QuantumATK进行材料分子动力学模拟的功能优势和应用案例，请访问微信文章《更高效的材料动力学模拟方法与应用》。

方法原理

分子动力学模拟本质上是对给定初始构型中原子运动的牛顿方程求数值解。这通常是通过对有限时间步长进行积分计算得到的。原子之间的相互作用(也就是原子间力)可以通过不同的方法(可以是密度泛函理论(DFT)或经典力场)来进行计算。这些力决定了原子的加速度并且使得原子的位置和速度传递到下一个时间步长。多次重复这个过程会产生一系列的构型快照，这些快照描述了系统在相空间中的运动轨迹，从而可以进一步从中分析提取出想要的性质。

在设置模拟之前你需要选择你所感兴趣的计算类型。要考虑得因素有：总能量是否守恒(孤立体系中的情况)？模拟体系与热浴(heat bath)之间的耦合时是否要保持温度不变？系统是否受到外加压力或者应力？基于这些考虑我们应该选择一套合适的模拟参数：时间步长大小， 积分步长的数量(模拟持续的时间)，积分算法，初始温度，约束条件等等。

类似于真实的实验，进行分子动力学模拟需要一些实证上的知识和经验。在本例中，你将会了解分子动力学模拟的基本组成部分，以及如何使用 QuantumATK 的分子动力学模块来进行分子动力学模拟。

将这些技巧应用于一个简单、著名的测试体系——块体硅，你将逐步学习到如何选择时间步长大小，如何控制温度和压力，以及如何通过约束条件来固定某些原子。

微正则系综(NVE)模拟

正如介绍中所述，分子动力学模拟基于的是求解牛顿运动方程。微正则系综(NVE)是分子动力学模拟中最原始和纯粹的形式，其中原子数(N)，体积(V)和总能(E)守恒。这些条件对应了一个完全孤立体系，而产生的系综也被称为微正则系综。

在这个章节，你将了解如何运行微正则系综(NVE)模拟，以及如何通过监测总能(此处应为定值)来评定系统的特性。你将会学习到如何为给定系统选择合适的时间步长大小。

设置几何构型

打开 QuantumATK，创建一个新的项目并命名，打开此项目。点击工具栏的按钮启动 Builder。在 Builder 中，点击Add ‣ From Database。搜索 Silicon 并添加到 stash 栏中。

初始的硅的单胞的晶格矢量是非正交的。尽管在这种晶胞上可以进行分子动力学模拟，但是使用正交晶胞往往更方便一些(尤其是在晶胞尺寸在模拟过程中发生变化的情况下)。你可以使用 Builder 面板中 Bulk Tools ‣ Supercell。点击 Conventional 和 Transform 使初始单胞变为常规的立方晶胞。

此外，通常有必要增大硅结构的尺寸以包含更多的原子，因为这样可以改善所要计算的可观测量的平均值，并且减少小的模拟晶胞与其周期重复构象相互作用所导致的有限尺寸效应(晶胞矢量的长度最好大于两倍的势的相互作用距离)。通过点击 Bulk Tools ‣ Repeat 选择 4 x 4 x 4 的重复来增加结构的尺寸。这将得到总共 512 个原子。 

接着使用 Builder 窗口右下角的箭头图标将结构送到 Script Generator。

设置计算脚本

接下来，你将设置运行分子动力学计算中将要用到的计算脚本。对于 Si-Si 相互作用，我们将使用 Tersoff 型的势。实际的分子动力学模拟也将在这里设置。

• 在 Script Generator 中

• 添加一个 New Calculator。

添加 Optimize > MolecularDynamics 模块。

双击 New Calculator 选择 ATK-Classical 计算器和 Tersoff_Si_1988 势¹⁾。由于我们不需要保存或者打印初始构型的附加信息，所以不选 Save和 Print。

现在，双击 MolecularDynamics 模块。首先，看一下 Type 下拉列表。这一设置非常重要，它可以让你选择使系统处于什么样的积分算法和物理系综下模拟。对于第一个模拟，我们设置为 NVE Velocity Verlet 类型。这个设置选择了恒定粒子数(N)，恒定体积(V)和恒定总能(E)的系综，并且使用了 velocity verlet 积分算法²⁾。

设置 Steps 的数量为 1000，Log Interval 为 5。后者的值决定了当前构型的快照多久被写入硬盘一次。过小得log interval 值会降低模拟的速度ÿ