分子动力学模拟软件_分子模拟软件Discovery Studio教程(十九)：虚拟氨基酸突变提高结合亲和力...

Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件，DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。

蛋白的氨基酸定点突变可用于酶与抗体的设计，这里利刃君就为大家带来借助Discovery Studio 对一个蛋白-配体复合物进行基于相互作用力的虚拟氨基酸突变教程，以提高复合物的结合亲和力。

1虚拟氨基酸突变

本期教程中利刃君以细胞周期蛋白依赖激酶-2（CDK2）为例进行虚拟氨基酸突变。该蛋白PDB编号为6INL，其带有原配体CVT-313，三维结构由PDB数据库搜索下载。

导入蛋白结构后，对蛋白进行去水、Prepare Protein等处理，并将原配体重命名为Ligand，方便后续操作。