Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件,DS目前的主要功能包括:蛋白质的表征(包括蛋白-蛋白相互作用)、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具(包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接)、基于小分子的药物设计工具(包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET)和组合库的设计与分析等。
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蛋白的氨基酸定点突变可用于酶与抗体的设计,这里利刃君就为大家带来借助Discovery Studio 对一个蛋白-配体复合物进行基于相互作用力的虚拟氨基酸突变教程,以提高复合物的结合亲和力。
1虚拟氨基酸突变
本期教程中利刃君以细胞周期蛋白依赖激酶-2(CDK2)为例进行虚拟氨基酸突变。该蛋白PDB编号为6INL,其带有原配体CVT-313,三维结构由PDB数据库搜索下载。
导入蛋白结构后,对蛋白进行去水、Prepare Protein等处理,并将原配体重命名为Ligand,方便后续操作。