顺式作用元件包括_植物启动子-顺式作用元件-批量提取-预测-可视化分析

本文介绍了如何使用TBtools提取和分析植物基因启动子区域的顺式作用元件,包括启动子区域的提取、序列转换、PlantCare预测、结果整理和TBtools的可视化分析,提供了一种快速完成顺式作用元件研究的方法。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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写在前面

以前总看到问题是,基因结构可视化的问题;现在则变成了启动子元件的预测或者说可视化。这本身比较简单,也比较玄乎,所以我一直不是太乐意与别人讨论。但学院今天断网,手上的工作无法正常开展。正好有旧友也问起,那么我就写写。其实,有了TBtools,这些分析,所有人都可以极其快速的完成

顺势作用元件分析的顾虑

之所以说这个分析玄乎,在于他真的玄乎。顺势作用元件,基于其定义,并不一定就是启动子区域,也可以在内含子里面,还可以在邻近的基因里面。所以他跟启动子似乎并没有直接关系。只是,启动子从定义上来谈,就是RNA聚合酶(如pol II)被招募并结合的区域附近。这一区域应是有较多的转录因子(反式作用因子)和转录调节子,所以自然是存在较多的顺势作用元件。
说到这里,那么启动子区域的边界如何确定,又是玄乎的事情。几乎所有物种里面的UTR注释都是不全的,即使是拟南芥或者水稻,更或者人类。原因有很多。再从另一个方面来说。即使是同一个基因(locus),不同的转录本会有不同的转录起始位点,那么这个时候,哪一个TSS之上是所谓真实的启动子
总而言之,存在一个约定俗成(也就是大家都是看破不说破&#x

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