顺式作用元件包括_植物启动子-顺式作用元件-批量提取-预测-可视化分析

最新推荐文章于 2025-02-06 03:29:23 发布

彩彩彩虹

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文章标签：顺式作用元件包括

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_32432759/article/details/112310908

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本文介绍了如何使用TBtools提取和分析植物基因启动子区域的顺式作用元件，包括启动子区域的提取、序列转换、PlantCare预测、结果整理和TBtools的可视化分析，提供了一种快速完成顺式作用元件研究的方法。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

写在前面

以前总看到问题是，基因结构可视化的问题；现在则变成了启动子元件的预测或者说可视化。这本身比较简单，也比较玄乎，所以我一直不是太乐意与别人讨论。但学院今天断网，手上的工作无法正常开展。正好有旧友也问起，那么我就写写。其实，有了TBtools，这些分析，所有人都可以极其快速的完成

顺势作用元件分析的顾虑

之所以说这个分析玄乎，在于他真的玄乎。顺势作用元件，基于其定义，并不一定就是启动子区域，也可以在内含子里面，还可以在邻近的基因里面。所以他跟启动子似乎并没有直接关系。只是，启动子从定义上来谈，就是RNA聚合酶（如pol II）被招募并结合的区域附近。这一区域应是有较多的转录因子（反式作用因子）和转录调节子，所以自然是存在较多的顺势作用元件。
说到这里，那么启动子区域的边界如何确定，又是玄乎的事情。几乎所有物种里面的UTR注释都是不全的，即使是拟南芥或者水稻，更或者人类。原因有很多。再从另一个方面来说。即使是同一个基因（locus），不同的转录本会有不同的转录起始位点，那么这个时候，哪一个TSS之上是所谓真实的启动子？
总而言之，存在一个约定俗成（也就是大家都是看破不说破）的做法，取翻译起始密码子（ATG）上游1kb，或者2kb，或者更长一些。那么本文的做法就是，取2kb（注意，这个做法明显就是会包括一些UTR，然而似乎没有更好的做法）