提取Blast2go blast结果中的一部分

问题

有两个样本,二者之间有些序列是重复的,因此其中一个过滤掉了重复的序列后才进行 Blast2go 分析,,另一个则全体。 现在需要把过滤掉那部分序列的也给合并过来。

思路

可以根据序列 id,直接 grep xxxx *.xml,从另一样本那里获得 XML 文件,然后拷贝到新的目录下,再导入到相应 b2g 文件中。

# 例如
grep -P '\bTSA_246786\b' *.xml

注意:

  • 在脚本里要转义:\\b
  • Blast2go 本地 BLAST 的结果格式为 XML2

虽然有点慢,但的确可行,毕竟 BLAST 只会更慢,咱没有服务器,只有破电脑一台。

转载于:https://my.oschina.net/u/727594/blog/870135

  • 0
    点赞
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值