RDKIT+postgresql做化合物数据存储与查找

RDKIT：

　　　　rdkit的安装与使用，直接conda  instal rdkit，不行的话，使用源码安装，将RDKIT源码下载解压到acaconda的pkg目录下，打开cmd，进入pkg下的 rdki目录使用python setup.py install ，就可以安装好RDKIT，顺便提一下RDKIT有点未知性。。有时候代码这台机器能用，那台机器不能用。。

　　　本次使用RDKIT主要是mol文件转成smiles文件，画出化合物的2D结构图，主要用到Chem下面的几个函数。

　　　RDKIT文档：http://www.rdkit.org/docs/index.html

postgresql：

　　　 postgresql是一款强大的开源数据库，对于原生的postgresql来说有很多强大的功能，比如自带分区，并行查询的功能。

　　　 postgresql也含有大量的插件，pg-xc，pg-pool，stado等，为postgresql的分布式部署提供了解决方案。

　　　本次的数据是一个12TB 1E分子的化合物数据库，在我实践之下只选择了670M的数据。

　　　整个项目的大体构思如下

　　　　数据库存储 关系型数据库，如MySQL，PostgreSQL

　　　　分布式存储 数据库查询 Map-Reduce分布式查询 PostgreSQL嵌入结构查询引擎，快速检索

　　　　可视化 分子结构可视化 分子性质、特征空间可视化。

　　　　数据库结构：

　　　　采用分布式框架，有多个节点，每一个节点下有主从数据库，副数据库用来备份，每一个数据库下采用分表结构。postgresql的分表有三种形式分别为范围分表，列表分表，哈希分表（哈希分表在11版本提供），在数据库执行查找的操作时候，并行连接多个数据库，然后每一个数据库下执行并行查询。这里的并行查询postgresql有提供。以并行查询分布式数据加快查询速度。优化查询。

　　　　

　　　

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