一、环境搭建
本文以windows为例进行操作和演示。假设都已经安装好了postgresql,下面依次进行用户切换、启动服务端、创建数据库、导入数据、连接数据库、加载插件、函数测试。在windows上安装带rdkit插件的postgresql以及基本操作可以参考这篇文章。
- 在cmd中切换到postgres用户
runas /user:postgres cmd
- 在postgres用户下,启动服务端,指定数据库位置
postgres -D d:\postgresql\data
- 在新cmd终端中创建molecules数据库
createdb molecules
- 使用python创建info表格,加入id、smiles、LOGP等列,并导入1000条分子数据。可以参考[postgresql_by_psycopg2.ipynb]中的介绍。
- 导入完成数据后,连接进入数据库
psql molecules
- 在“molecules=#”提示符下,查看刚才创建的info表
select column_name from information_schema.columns WHERE table_name ='info';
- 为当前数据库加载rdkit插件
create extension rdkit;
- 测试下rdkit插件,能正常输出结果表明环境准备成功
select id, mol_from_smiles(smiles::cstring) mol_col from info limit 5;
二、数据表准备
数据库、rdkit插件都没问题后,接下来依次新建schema、转换mol对象、建立数据表。
- 新建schema,命名为rdk。schema相当于一个命名空间