如何下载一个物种的全部EST序列 | NCBI | 表达序列标签

本文介绍了如何从NCBI获取物种的全部EST序列,包括通过Web界面搜索和FTP批量下载。虽然Web下载适用于少量序列,但大规模下载推荐使用FTP。由于ncbi反爬虫,直接脚本抓取效率不高。文中提到尝试使用awk脚本进行数据提取,但效果不理想。
摘要由CSDN通过智能技术生成

EST:表达序列标签,expressed sequence tags 。

顾名思义,很好理解,就是表达出来的序列,即从基因组DNA上表达出来的RNA,但是我们没法测序RNA,所以我们最终测的是表达序列的cDNA片段。

“标签”:就是指这些序列可能比较短,但是可以用来标定一个物种。

常见下载方式有两种:

1. NCBI Web下载

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/

打开,搜索你要的物种,比如 Camellia ,可以看到结果EST (50287)。

Web下载几个还行,想要批量下载就有点费力了,ncbi反爬虫,也不好爬。

2. NCBI ftp下载

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/repository/dbEST/

直接wget就可以批量下载了。

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