linux lammps编程界面,科学网-LAMMPS 软件使用入门：3. 简单的算例-陈卫的博文

先简要地说说 LAMMPS 的运行过程,LAMMPS 本身没有图形界面,所有的计算模

拟过程都是在 Linux 终端执行,LAMMPS 运行所需要的指令需要用户写在一个输入

文件里(input script)

,一般以.in 为后缀名。

在 lammps-10Feb15/examples 文件夹下,有大量的使用 LAMMPS 的实例,是非常

好的学习题材。在这里,我们首先用 LAMMPS 来模拟一个非常简单的体系,从而对

LAMMPS 有一个初步的认识。我们来做相互作用势为 Lennard-Jones 12-6 的小球在

正则系宗下的分子动力学模拟,下面是我们要输入给 LAMMPS 的指令集,全部写在

一个叫 LJ.in 的文档里面:

# LJ 12-6 system with NVE ensemble

units lj

atom_style atomic

lattice fcc 0.8442

region box block 0 5 0 5 0 5

create_box 1 box

create_atoms 1 box

mass 1 1.0

velocity all create 3.0 825577 dist gaussian

pair_style lj/cut 2.5

pair_coeff * * 1.0 1.0 2.5

neighbor 0.3 bin

neigh_modify every 20 delay 0 check no

fix 1 all nve

timestep 0.005

thermo 1000

run 10000

clear

LAMMPS的指令统一写成“关键字 参数1  参数2 ...”的形式&#