先简要地说说 LAMMPS 的运行过程,LAMMPS 本身没有图形界面,所有的计算模
拟过程都是在 Linux 终端执行,LAMMPS 运行所需要的指令需要用户写在一个输入
文件里(input script)
,一般以.in 为后缀名。
在 lammps-10Feb15/examples 文件夹下,有大量的使用 LAMMPS 的实例,是非常
好的学习题材。在这里,我们首先用 LAMMPS 来模拟一个非常简单的体系,从而对
LAMMPS 有一个初步的认识。我们来做相互作用势为 Lennard-Jones 12-6 的小球在
正则系宗下的分子动力学模拟,下面是我们要输入给 LAMMPS 的指令集,全部写在
一个叫 LJ.in 的文档里面:
# LJ 12-6 system with NVE ensemble
units lj
atom_style atomic
lattice fcc 0.8442
region box block 0 5 0 5 0 5
create_box 1 box
create_atoms 1 box
mass 1 1.0
velocity all create 3.0 825577 dist gaussian
pair_style lj/cut 2.5
pair_coeff * * 1.0 1.0 2.5
neighbor 0.3 bin
neigh_modify every 20 delay 0 check no
fix 1 all nve
timestep 0.005
thermo 1000
run 10000
clear
LAMMPS的指令统一写成“关键字 参数1 参数2 ...”的形式&#