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本文介绍了如何在弹性高性能计算E-HPC管理控制台中创建和管理LAMMPS作业。用户可以创建作业,配置执行命令、环境变量,并通过作业模板简化作业创建过程。支持的调度器包括PBS、SLURM和SGE。提交作业前,需要创建非root用户,并了解SSH登录和数据导入。作业状态可在控制台中查看,运行中的作业可以被停止。
摘要由CSDN通过智能技术生成

弹性高性能计算E-HPC的管理控制台提供了作业相关的创建作业、停止作业、查看作业状态等功能,用户可通过作业管理功能快速创建作业。

进入作业界面 进入E-HPC管理控制台,点选左侧栏的作业标签,进入如下界面:

job_list

上图,显示为已完成的作业列表,用户也可以切换到未完成页面,查看正在进行中的作业列表。

创建作业 操作步骤 点击作业界面右上角的“创建作业”按钮; 在弹出的界面(如下图所示)中配置需要创建的作业信息。用户也可以通过直接 导入作业配置 文件的方式来配置信息。若用户需要保存该配置信息,可通过 导出作业配置 文件,将作业信息保存在本地。 所有信息配置完之后,点击 “确认” 按钮可将作业提交到集群,开始执行。 submit_job

作业相关参数说明如下: 作业名:该作业的名称,所设置的作业名将会在作业列表中展示,另外如需自动下载解压作业文件,解压目录也以作业名命名。 作业模板:可选择已配置的作业模板快速创建作业。 用户名/密码:执行该作业使用的用户名和密码,该用户名需要提前在“用户”界面创建。 作业执行命令:向调度器提交的作业执行命令,可以是脚本文件,也可以是一段命令文本。 后处理命令:作业执行完成后的后处理脚本。 启动job array:是否启用调度器的job array功能。 作业优先级: 在提交了多个作业时,对于需要优先执行的作业,用户可通过设置高优先级来优先执行。 调度器队列: 在创建集群时,若计算节点已加入了指定的QUEUE,则需要将作业提交到对应的指定Queue;若没有指定,则需要将作业提交到调度器默认的队列中,否则作

Linux环境下,LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一个分子动力学模拟软件,用于研究材料的行为。要运行LAMMPS,首先你需要安装好LAMMPS,然后通常会创建一个包含输入参数的控制文件(*.in)。下面是基本步骤: 1. **安装LAMMPS**:你可以从官方网站下载源码包并按照指南进行编译安装,或者通过包管理器如`apt-get`、`yum`或`conda`安装预编译版本。 2. **准备输入文件**:编写或编辑一个`.in`控制文件,包括系统描述(单元格大小、原子类型等)、边界条件、力场设置、时间步长等详细信息。例如,对于一个简单的单分子模拟,可能会有这样的内容: ``` units metal lattice a 1.0 region box block 0 10 0 10 0 10 atom_style atomic pair_style lj/cut 1.0 ... run 100000 ``` 3. **运行命令**:打开终端,导航到存储控制文件的目录,然后输入以下命令来启动LAMMPS运行模拟: ```bash mpirun -np <处理器核心数> lmp_serial <your_input_file.in> 或者 mpirun -np <处理器核心数> lmp_<并行模式> <your_input_file.in> ``` 这里`<processor核心数>`是你想要使用的计算核心数,`lmp_<并行模式>`可以是`mpi`, `omp`, `pmi`, 等取决于你的硬件配置和LAMMPS的并行化选项。 4. **查看输出**:运行完成后,LAMMPS会在当前目录生成一系列的输出文件(如.log, .dump, .xvg等),你可以使用文本编辑器打开查看结果。
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