反驳生命的起点是rna_关于RNA世界假说的不精确复制是否有利及膜蛋白在其中的作用的假说...

看《基因VIII》，里面提到了RNA世界假说，恰好我看过这本书，然后基于本书里面描述的蛋白质合成过程，认为传统的RNA世界假说的某些不确定环节可能有一个比较简单的解释。

过去的中心法则是信息从DNA（到自己）到RNA（到自己）到蛋白质，虽然多了一些反转录病毒做成的RNA->DNA或者朊病毒的蛋白质->蛋白质之类的特例，但是主要还是从核酸到蛋白质。这里有一个小问题：蛋白质合成必需要有核酸，核酸合成也必须要蛋白质，这样就变成一个鸡生蛋、蛋生鸡的循环。

RNA酶的发现给这个循环一个起点：RNA本身就可以作为一种酶来催化化学作用，特别是RNA自己的分割和拼接。这样看来DNA是RNA的变种，作为容易分解和错误合成的核酸的稳定高保真保存的形式；蛋白质也是RNA的延伸，扩展和替代RNA酶的作用。核糖体等古老结构也都支持RNA是非常古老的，这样看来所有生命起源于RNA，生物起源于RNA世界似乎成了一个非常合理的假设。

最近的海底火山口的疏松多孔结构=类细胞，冷热交替可以催化RNA复制的研究，进一步支持了这个学说。米勒实验的蛋白质=生命起源已经被大部分研究者放弃。

但是从米勒试验等，我们可以看到，实际上，磷脂和氨基酸聚合物是更为简单、初始浓度更大的单独循环体系，可以形成类细胞。光有RNA哪来独立类细胞？如何改变类细胞的外形和营养吸收也就是小分子穿透？更别说RNA的大部分形式都是在膜上完成的，这说明RNA在进化出自我复制后的进一步进化过程中，早期形式必然是和膜，以及膜上蛋白质（因为几乎不存在膜上RNA）有关的。核糖体、某些离子转运蛋白（比如转运氢离子的ATP水解酶）都是膜上的蛋白质和RNA的结合物暗示了这一点。

细胞膜和多孔粘土的区别，在于细胞膜可以极大提高细胞内的有机物浓度，成为一个营养捕食者。光靠自然合成的那点浓度和四面漏水的伪细胞，是远远不够进一步的复杂生命活动的。

更进一步的，只有形成细胞膜，原始生命才能脱离火山口自由繁殖。

这样看来，蛋白质很可能是和RNA一起存在、进化的。蛋白质不能携带信息如何解释？很可能，早期RNA的作用必须间接通过蛋白质，但是并不需要特定的蛋白质。膜起到抓获、富集氨基酸/核酸的作用，而RNA用来把膜外的氨基酸、核酸等转移到膜内。

也许，早期的RNA通过和膜、多肽结合以保持自己的稳定性（类似于核糖体，和一些接受ATP的膜运输蛋白，都是蛋白质和RNA结合的形式）。同时，这些RNA有自我催化复制的功能，同时能够识别和切割特定的蛋白质局部结构，并与之结合为核糖体等。

在一锅原始浓汤内（可能是海底火山口，可能是海水在岸边形成的水洼等），里面化学物质不灭，不断循环。
1 首先存在大量类细胞，不断破裂又重新形成。
2 有蛋白质的膜更稳定不易破裂,有短期优势。
3 有自我复制能力的类细胞显然具有长期优势，长期数量呈指数增加。类细胞的自我复制能力首先在于吸取营养的能力，而早期膜蛋白大家差不多，吸取能力就取决于往细胞内转移小分子的能力，从而间接取决于把小分子营养合成大分子聚合物的能力。这种能力以减少细胞内小分子浓度的方式推动膜外向膜内自发渗透，成为一种被动的捕食。

4 蛋白质和核酸的单体都是能自发聚合的，特定结构的RNA还能够有自我催化聚合的能力（开始这种催化不一定是要特化的，随便错误催化都行，只要能聚合>分解都是有用的，有了模板催化合成之后自然就会发展出精确复制了），蛋白质却很难有自我复制、自我催化聚合能力（蛋白质合成酶比核酸酶复杂多了）。所以有核糖自催化聚合能力的RNA首先被进化出来，其次就是和蛋白质、糖类结合的能力，以保护比起蛋白质来脆弱易变得多的核酸序列。

核酸和蛋白质被作为生命物质，原因之一就是因为是足够复杂的双亲分子，有链内吸引，同样的合成方式可以同时有亲水/疏水等不同性质。之二就是其合成和分解温度恰好在室温范围内。合成温度太高则合成缓慢，温度太低则分解太快

为什么是核糖？因为5碳糖是满足条件的糖类中最简单，从而也就是随机合成中浓度最高的。为什么是核苷酸？因为核糖核嘌呤或者嘧啶结合形成的核苷酸能够接上一个、二个、三个焦磷酸形成AP,ADP甚至ATP（UTP就是另外一种常见的核苷酸构成的储能结构，在底层生化反应中也被用到。ATP被选择为泛用货币，可能是因为更简单稳定）。这样一个反应可以储能，从而有利于加速复杂高能的化学反应。没有ATP的存在，光靠热运动，RNA或者蛋白质作为催化剂需要非常精确的构型才能起到作用，而靠RNA接上的磷酸根存储的热能，大量随机序列也可以快速催化一些高能的化学反应。

ATP的存在是第一步加速。RNA很容易进化出能够催化聚合随机RNA链的功能是第二步加速。RNA进化出模板合成是第三步。到了第三步，RNA就已经摆脱随机合成的情况，成为最简单的生命了。

但是这三步，都是在细胞内发生，不能提高细胞摄取外部营养的能力，是没有前途的。所以最早期的RNA必然的催化功能，除了合成DNA自己外，肯定就是细胞壁内外的分子离子渗透控制，而这个控制必然涉及到蛋白质。RNA除了遗传功能以外，存在的场合就是核糖体和转运RNA（蛋白质合成）、ATP相关酶（例如利用膜内外氢离子浓度差合成ATP的ATP酶）、RNA切割就是暗示。

5 进一步，能够主动帮助蛋白质聚合的RNA/蛋白质复合结构就得到极大地优势（类核糖体）。这个时候的核糖体合成蛋白质可能还是随机的，但是只要能够帮助蛋白质合成，即使是随机的，也存在巨大的进化优势。当然进化出模板合成就更好了
6 最后，帮助膜上氨基酸/各种离子如氢离子等进入膜内结构就是下一步的进化方向，这就需要RNA对蛋白质进行精确地辨认，以及利用ATP克服热力学的浓度障碍。
7 对于序列的进化优势，要记住，蛋白质和核酸分解为小分子的过程是在自然而不断的进行的，核酸/蛋白质不需要主动去合成某种序列，只要保护某种序列更稳定，本身就能使得这种核酸或者蛋白质成为主要成分。

也就是说，RNA仍然是进化的基础脚手架，万能进化源泉，但是这个进化路线上，除了自催化合成的第一步以外，每一步都是作用于蛋白质/膜而不仅仅是核酸自身的。同时，进化并不需要精确地复制，不精确复制，仅仅是改变单体/聚合物浓度比，本身就是极大有利的。也就是说，RNA->蛋白质的精确信息传递，一开始很可能根本不需要，是由RNA自己通过酶作用来挑选和保护（而不是合成）目标膜蛋白的。