得到相对路径_starfusion得到的融合基因结果还需要可视化哦

我们多次在生信技能树公众号介绍 过star-fusion这个目前最好的针对RNA-seq测序数据找融合基因的软件::最好用的融合基因查找工具终于正式发表了 ,还有一个踩过的坑需要注意:一个好像没有做任何改变的参数  但是关于融合基因的后续生物学介绍我们说的不够,现在就带领大家仔细理解一下star-fusion软件的结果!

我们的示例项目得到的结果,按照JunctionReadCount排序如下:

#FusionName    JunctionReadCount   SpanningFragCount
FGFR3--TACC3    773 1087
IGL-@-ext--PRAMENP    216 1343
IGL-@--PRAMENP    216 1343
IPO7--LINC02489    186 1724
PPFIA1--TSGA10IP    141 213
RNF121--COBL    125 6
IGL-@-ext--AL121832.3    121 0
IGL-@--AL121832.3    121 0
IGL-@-ext--FLOT2    108 1
IGL-@--FLOT2    108 1

按照SpanningFragCount排序如下:

IPO7--LINC02489    186 1724
IGL-@-ext--PRAMENP    216 1343
IGL-@--PRAMENP    216 1343
FGFR3--TACC3    773 1087
NFKB2--AC025062.3    82  770
IGL-@-ext--PRAMENP    25  366
IGL-@--PRAMENP    25  366
FOXP1--IGL@-ext    9   345
FOXP1--IGL@-ext    28  345
FOXP1--IGL@-ext    27  345

其中FGFR3--TACC3这个融合基因事件我们比较熟悉了,就拿它为例子讲解如何理解这个融合现

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