我们多次在生信技能树公众号介绍 过star-fusion这个目前最好的针对RNA-seq测序数据找融合基因的软件::最好用的融合基因查找工具终于正式发表了 ,还有一个踩过的坑需要注意:一个好像没有做任何改变的参数 但是关于融合基因的后续生物学介绍我们说的不够,现在就带领大家仔细理解一下star-fusion软件的结果!
我们的示例项目得到的结果,按照JunctionReadCount排序如下:
#FusionName JunctionReadCount SpanningFragCount
FGFR3--TACC3 773 1087
IGL-@-ext--PRAMENP 216 1343
IGL-@--PRAMENP 216 1343
IPO7--LINC02489 186 1724
PPFIA1--TSGA10IP 141 213
RNF121--COBL 125 6
IGL-@-ext--AL121832.3 121 0
IGL-@--AL121832.3 121 0
IGL-@-ext--FLOT2 108 1
IGL-@--FLOT2 108 1
按照SpanningFragCount排序如下:
IPO7--LINC02489 186 1724
IGL-@-ext--PRAMENP 216 1343
IGL-@--PRAMENP 216 1343
FGFR3--TACC3 773 1087
NFKB2--AC025062.3 82 770
IGL-@-ext--PRAMENP 25 366
IGL-@--PRAMENP 25 366
FOXP1--IGL@-ext 9 345
FOXP1--IGL@-ext 28 345
FOXP1--IGL@-ext 27 345
其中FGFR3--TACC3这个融合基因事件我们比较熟悉了,就拿它为例子讲解如何理解这个融合现