得到相对路径_starfusion得到的融合基因结果还需要可视化哦

最新推荐文章于 2022-04-19 14:44:36 发布
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我们多次在生信技能树公众号介绍 过star-fusion这个目前最好的针对RNA-seq测序数据找融合基因的软件：：最好用的融合基因查找工具终于正式发表了 ，还有一个踩过的坑需要注意：一个好像没有做任何改变的参数  但是关于融合基因的后续生物学介绍我们说的不够，现在就带领大家仔细理解一下star-fusion软件的结果！

我们的示例项目得到的结果，按照JunctionReadCount排序如下：

#FusionName    JunctionReadCount   SpanningFragCount
FGFR3--TACC3    773 1087
IGL-@-ext--PRAMENP    216 1343
IGL-@--PRAMENP    216 1343
IPO7--LINC02489    186 1724
PPFIA1--TSGA10IP    141 213
RNF121--COBL    125 6
IGL-@-ext--AL121832.3    121 0
IGL-@--AL121832.3    121 0
IGL-@-ext--FLOT2    108 1
IGL-@--FLOT2    108 1

按照SpanningFragCount排序如下：

IPO7--LINC02489    186 1724
IGL-@-ext--PRAMENP    216 1343
IGL-@--PRAMENP    216 1343
FGFR3--TACC3    773 1087
NFKB2--AC025062.3    82  770
IGL-@-ext--PRAMENP    25  366
IGL-@--PRAMENP    25  366
FOXP1--IGL@-ext    9   345
FOXP1--IGL@-ext    28  345
FOXP1--IGL@-ext    27  345

其中FGFR3--TACC3这个融合基因事件我们比较熟悉了，就拿它为例子讲解如何理解这个融合现

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要可视化n_estimators和learning_rate的网格搜索结果，可以使用Python中的matplotlib库。以下是一个简单的代码示例： ```python import matplotlib.pyplot as plt # 定义n_estimators和learning_rate的取值范围 n_estimators = [50, 100, 150] learning_rate = [0.01, 0.1, 1] # 定义网格搜索结果 grid_search_results = [[0.8, 0.9, 0.85], [0.85, 0.95, 0.9], [0.9, 0.9, 0.9]] # 绘制热力图 plt.imshow(grid_search_results, cmap='hot', interpolation='nearest') plt.colorbar() # 添加轴标签 plt.xlabel('learning rate') plt.ylabel('n_estimators') # 添加刻度标签 plt.xticks(range(len(learning_rate)), learning_rate) plt.yticks(range(len(n_estimators)), n_estimators) # 显示图形 plt.show() ``` 该代码将生成一个热力图，其中x轴表示learning_rate的取值范围，y轴表示n_estimators的取值范围，每个网格单元格的颜色表示对应参数下的模型性能。颜色越浅，性能越好。同时，也可以使用其他类型的图形来可视化网格搜索结果，例如线图或散点图。

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