可视化工具之 IGV 使用方法

整合基因组浏览器(IGV)是一种高性能的可视化工具，用来交互式地探索大型综合基因组数据。它支持各种数据类型，包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释。IGV这个工具很牛，发了NB：

James T. Robinson, Helga Thorvaldsdóttir, Wendy Winckler, Mitchell Guttman, Eric S. Lander, Gad Getz, Jill P. Mesirov. Integrative Genomics Viewer. Nature Biotechnology 29, 24–26 (2011)

使用IGV的基本思路

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安装和配置

要用linux上的IGV（首先需要去官网下载一个Linux下的IGV），然后需要一个远程控制工具：

这里使用 VNC，网上下载破解版，安装（输入注册码即可破解，文章底部有注册码）。

运行IGV

开启 linux 的 VNCserver，开启了之后，linux上会显示节点和端口，用于Windows端的连接。

vncserver -geometry 1366x768  #调节分辨率

开启服务后，Linux会提示可以登录的节点，登录VNC需要你的ip、端口及VNC密码。

运行 VNC 客户端（VNC viewer）里的 IGV.sh 开启可视化程序（打开Windows的VNC会自动跳转到Linux下的IGV安装目录，双击IGV.sh即可打开）。

1.载入参考基因组数据

可以点击选择一个，也可以通过菜单栏Genomes载入文件。

2.载入排序后的bam文件

通过菜单栏的File，load from file。。。