R语言mgarch包的说明_R语言模拟疫情传播-gganimate包

原创：hxj7

本文用gganimate包展示模拟疫情数据

本文篇幅较长，分为以下几个部分：

• 前言
• 效果展示
• 小结
• 附录：代码

前言

前文《R语言模拟疫情传播-RVirusBroadcast》已经介绍了一种用R语言模拟疫情传播的方法，不过当时为了实时模拟数据（没有事先准备好的数据集可用）的动态展示效果，笔者在RVirusBroadcast中使用的是R中的基础作图功能，在本文中我们将用gganimate包来生成动态图。

gganimate包是一个可以在ggplot作图基础上生成动态图的工具，像ggplot作图一样，使用gganimate包要先把数据集准备好。由于gganimate的运算量较大，所以只模拟了30天的数据。

效果展示

请注意下面的gif动图都是模拟生成的，纯属虚构，不具有现实意义，仅供电脑模拟实验所用。

当人们随意移动时

上面两张图是gganimate包生成的gif动图，利用magick包还可以将两张动图组合起来：

当人们控制自己的移动时

小结

• 与RVirusBroadcast程序用基础画图功能来动态展示数据不同的是，gganimate包是在ggplot作图的基础上生成动图的，它需要事先准备好数据集。
• 利用gganimate + magick可以组合动态图。
• gganimate还可以做很多有意思的事情，有兴趣的朋友可以到官网上去看一看。

参考

[1] “计算机仿真程序告诉你为什么现在还没到出门的时候” 视频地址：https://www.bilibili.com/video/av86478875?spm_id_from=333.788.b_765f64657363.1
[2] VirusBroadcast (Java)程序源码：https://github.com/KikiLetGo/VirusBroadcast
[3] gganimate包项目链接：https://github.com/thomasp85/gganimate

附录：代码

###name:RVirusBroadcast-via-gganimate
###author:hxj7
###version:202002010
###note:本程序是"VirusBroadcast (in Java)"的R-动画版本，只能处理事先准备好的数据集
###      VirusBroadcast (in Java) 项目链接：
###      https://github.com/KikiLetGo/VirusBroadcast/tree/master/src

library(tibble)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(tidyr)
library(magick)
library(gganimate)

########## 模拟参数 ##########
ORIGINAL_COUNT <- 50     # 初始感染数量
BROAD_RATE <- 0.8        # 传播率
SHADOW_TIME <- 140       # 潜伏时间，14天为140
HOSPITAL_RECEIVE_TIME <- 10   # 医院收治响应时间
BED_COUNT <- 1000        # 医院床位

MOVE_WISH_MU <- -0.99   # 流动意向平均值，建议调整范围：[-0.99,0.99];
#   -0.99 人群流动最慢速率，甚至完全控制疫情传播;
#   0.99为人群流动最快速率, 可导致全城感染

CITY_PERSON_SIZE <- 5000    # 城市总人口数量
FATALITY_RATE <- 0.02       # 病死率，根据2月6日数据估算（病死数/确诊数）为0.02
SHADOW_TIME_SIGMA <- 25     # 潜伏时间方差
CURED_TIME <- 50            # 治愈时间均值，从入院开始计时
CURED_SIGMA <- 10           # 治愈时间标准差
DIE_TIME <- 300             # 死亡时间均值，30天，从发病（确诊）时开始计时
DIE_SIGMA <- 50             # 死亡时间标准差

CITY_WIDTH <- 700