R语言模拟疫情传播-RVirusBroadcast

原创：hxj7

本文用RVirusBroadcast展示模拟的疫情数据

本文篇幅较长，分为以下几个部分：

• 前言

• 效果展示

• 小结

• 附录：RVirusBroadcast代码

前言

前几天微博的一个热搜主题是**“计算机仿真程序告诉你为什么现在还没到出门的时候！！！”**，该视频用模拟的疫情数据告诉大家“不要随便出门（宅在家）”对战胜疫情很重要，生动形象，广受好评。

所用的程序叫VirusBroadcast，源码已经公开，是用Java写的。鉴于画图是R语言的优势，所以笔者在读过源码后，写了一个VirusBroadcast程序的R语言版本，暂且叫做RVirusBroadcast。与VirusBroadcast相比，RVirusBroadcast所用的模型和逻辑大体不变，只是在少许细节上做了修改。
（为了防止上面的超链接被过滤掉而打不开，文末也放上了明文链接）

效果展示

下面两段视频是RVirusBroadcast用模拟的数据展示的效果，由于笔者的电脑性能实在一般，所以暂时只模拟了30天的数据。请再次注意下面两段视频的数据是模拟生成的，纯属虚构，不具有现实意义，仅供电脑模拟实验所用。

其他条件不变，当人们随意移动时，病毒传播迅速，疫情很难控制

其他条件不变，当人们控制自己的移动时，病毒传播缓慢，疫情逐渐得到控制

小结

诚如VirusBroadcast的作者所说，现在的模型是一个很简单的模型，所用的数据也是模拟生成的，还需优化改进。朋友们如果有兴趣，可以自行查阅复制下文中的R代码，自由修改。

如果您对代码有任何意见或建议，请联系hxj5hxj5@126.com。谢谢！

参考

[1] “计算机仿真程序告诉你为什么现在还没到出门的时候” 视频地址：
https://www.bilibili.com/video/av86478875?spm_id_from=333.788.b_765f64657363.1
[2] VirusBroadcast (Java)程序源码：
https://github.com/KikiLetGo/VirusBroadcast

附录：RVirusBroadcast代码

  ###name:RVirusBroadcast 
  ###author:hxj7(hxj5hxj5@126.com)  
  ###version:202002010  
  ###note:本程序是"VirusBroadcast (in Java)"的R版本  
  ###      VirusBroadcast (in Java) 项目链接：
  ###      https://github.com/KikiLetGo/VirusBroadcast/tree/master/src  
   
  library(tibble)  
  library(dplyr) 
 
  ########## 模拟参数 ########## 
  ORIGINAL_COUNT <- 50     # 初始感染数量 
  BROAD_RATE <- 0.8        # 传播率 
  SHADOW_TIME <- 140       # 潜伏时间，14天为140 
  HOSPITAL_RECEIVE_TIME <- 10   # 医院收治响应时间 
  BED_COUNT <- 1000        # 医院床位 
 
  MOVE_WISH_MU <- -0.99   # 流动意向平均值，建议调整范围：[-0.99,0.99]; 
                       #   -0.99 人群流动最慢速率，甚至完全控制疫情传播; 
                       #   0.99为人群流动最快速率, 可导致全城感染 
 
  CITY_PERSON_SIZE <- 5000    # 城市总人口数量 
  
FATALITY_RATE <- 0.02       # 病死率，根据2月6日数据估算（病死数/确诊数）为0.02 
  SHADOW_TIME_SIGMA <- 25     # 潜伏时间方差 
  CURED_TIME <- 50            # 治愈时间均值，从入院开始计时 
  CURED_SIGMA <- 10           # 治愈时间标准差 
  DIE_TIME <- 300             # 死亡时间均值，30天，从发病（确诊）时开始计时 
  DIE_SIGMA <- 50             # 死亡时间标准差 
 
  CITY_WIDTH <- 700           # 城市大小即窗口边界，限制不允许出城 
  CITY_HEIGHT <- 800 
 
  MAX_TRY <- 300             # 最大模拟次数，300代表30天 
   
  ########## 生成人群点，用不同颜色代表不同健康状态。 ########## 
  # 用正态分布刻画人群点的分布 
  CITY_CENTERX <- 400         # x轴的mu值 
  CITY_CENTERY <- 400 
  PERSON_DIST_X_SIGMA <- 100  # x轴的sigma值 
  PERSON_DIST_Y_SIGMA <- 100 
   
  # 市民状态应该需要细分，虽然有的状态暂未纳入模拟，但是细分状态应该保留 
  STATE_NORMAL <- 0            # 正常人，未感染的健康人 
  STATE_SUSPECTED <- STATE_NORMAL + 1   # 有暴露感染风险 
  STATE_SHADOW <- STATE_SUSPECTED + 1   # 潜伏期 
  STATE_CONFIRMED <- STATE_SHADOW + 1   # 发病且已确诊为感染病人 
  STATE_FREEZE <- STATE_CONFIRMED +