首先需要拥有fsl的离线安装包
然后跳转到安装包所在的路径,将压缩包解压到目标路径,一般为/usr/local
cd ~/Downloads
sudo tar -zxvf fsl-6.0.3-centos7_64.tar.gz -C /usr/local
/usr/local/fsl/etc/fslconf/post_install.sh -f /usr/local/fsl
解压完成后,打开用户目录下的配置文件,配置fsl环境变量
gedit ~/.bashrc
在文件最后追加:
FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH
修改完成source一下让修改生效:
source ~/.bashrc
最后安装fslpython:
/usr/local/fsl/etc/fslconf/fslpython_install.sh
问题:
1.如果sh脚本执行时提示没有权限,需要更改权限后再执行
sudo chmod 755 [所执行的sh文件路径]
2.打开fsl相应模块时提示error while loading shared libraries:http://xxx.so.xxx,一般是系统某些库文件太新的原因,这时候找到老版本的库文件,并做一个软链接
比如提示缺少libmng.so.1,先去找系统中的libmng.so文件
locate libmng.so
我这里得到两个,用版本最新的那个创建软链接,软链接文件路径在/usr/lib下,名字与提示缺少的文件http://xxx.so.xxx同名,即可
sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmng.so.2.0.2 /usr/lib/libmng.so.1
3.fsleyes打开问题,一般是内置fsleyes版本低,需要更新,各种情况可参见官网fsleyes安装方法,这里我是6.0.2以上版本,用conda升级
sudo /usr/local/fsl/fslpython/bin/conda update -n fslpython -c conda-forge --update-deps fsleyes
如果不习惯fsleyes的界面,可以打开老版本的fslview
fslview_deprecated