sam文件格式

最新推荐文章于 2024-09-03 16:48:50 发布
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sam格式的结构和意义_SAM文件格式介绍
weixin_29783407的博客
01-14 1210
imageSAM 是sequence alignment format [http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf]的缩写，BAM文件是SAM的二进制文件。当测序生成的fastq文件比对到参考基因组后就会生成SAM文件或者BAM文件。大部分的数据分析都是始于SAM文件。SAM 文件的结构SAM格式文件包括头部注释部分和比对结果部分，头部分为''可选...
sam格式的结构和意义_sam文件格式说明
weixin_39740272的博客
01-14 450
bowtie2是当前最流行的短序列比对软，SAM(SequenceAlignment/Map)格式是一种通用的比对格式，用来存储reads到参考序列的比对信息SAM是一种序列比对格式标准， 由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果SAM分为两部分：注释信息和对比结果注释信息以@开头@HD：说明符合标准的...
资料总结分享：SAM,bam,bed文件格式
weixin_69558614的博客
05-07 1616
表示read比对到RNAME这条序列的最左边的位置，如果该read能够完全比对到这条序列（CIGAR string为M）则这个位置是read的第一个碱基比对的位置，如果该read的反向互补序列比对到这条序列，则这个位置是read的反向互补序列的第一个碱基比对的位置，所以无论该read是正向比对到该序列，或是其反向互补序列比对到该序列，比对结果均是最左端的比对位置。SAM文件中的每一行包含了比对的序列ID、比对的标志、参考序列的名称、序列的起始位置、比对得分、序列的序列等信息。
bam/sam格式说明
weixin_34236497的博客
04-08 547
在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔（\t），从左到右分别是： 1 QNAME,序列的名字（Read的名字） 2 FLAG, 概括出一个合适的标记，各个数字分别代表 1     序列是一对序列中的一个 2     比对结果是一个pair-end比对的末端 4     没有找到位点 8     这个序列是pair中的一个但是没有找到位点 16   在这个比对上的位点，序...
sam格式总结
最新发布
linkequa的博客
09-03 436
256： 代表这个序列不是主要的比对，一条序列可能比对到参考序列的多个位置，只有一个是首要的比对位置，其他都是次要的。8： 代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上，比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上。153 = 128+16+8+1（R2比对到负链接，R1没有匹配上）163 = 128+32+2+1（R2完全匹配，R1比对到负链）99 = 64+32+2+1 （R2比对到负链，R1完全匹配）32 ：代表这个序列对应的另一端序列比对到参考序列的负链上。
SAM文件格式详解
raoweijian的专栏
04-01 8593
生物信息上的东西，由于发展的时间不长，所以各种标准都不算是广泛传播。 尤其是文件格式之类的，中文版的资料很少，不少英文版的说明也不是很清晰。 这里对SAM格式进行一下解释，希望对新人有所帮助。如下是SAM文件中的一行FCC0YG3ACXX:2:1103:1572:139769#GCTTAATG 99 chr10 60001 0 90M = 60390 479 GAATTCC
生信：2：sam格式文件解读
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genome_denovo的博客
12-04 5万+
第二章：生物信息分析第一节：解读sam格式文件1，SAM文件格式介绍SAM（The Sequence Alignment / Map format）格式，即序列比对文件的格式，详细介绍文档：http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdfSAM文件由两部分组成，头部区和主体区，都以tab分列。 头部区：以’@’开始，体现了比对的一些总体信息。比如比对的SA
SAM文件格式解读(转)
weixin_44953795的博客
11-11 1324
这篇文章介绍的不错，值得一看。 作者：tianzhanlan 链接：https://www.jianshu.com/p/83372e437036 来源：简书
sam格式的结构和意义_SAM文件是什么
weixin_29628479的博客
12-24 1007
SAM文件是什么SAM文件是WIN2000里面保存密码信息的文件windowsNT及win2000中对用户帐户的安全管理使用了安全帐号管理器(securityaccountmanager)的机制,安全帐号管理器对帐号的管理是通过安全标识进行的，安全标识在帐号创建时就同时创建，一旦帐号被删除，安全标识也同时被删除。安全标识是唯一的，即使是相同的用户名，在每次创建时获得的安全标识都时完全不同的。因...
windows7电脑SAM文件[参照使用]
12-04
从电脑里面"挖"出来的，经修改后的，属于纯原版，大家下载当参照物就行了
sam格式的结构和意义_SAM/BAM文件格式简介(一)
weixin_39904587的博客
01-14 784
将reads比对到参考基因组上，我们称之为mapping。mapping的工具很多，为了方便下游分析，对于mapping产生的文件，业界有一个统一的标准，这个标准就是SAM。SAM全称Sequence Alignment/MAP format, 从命名上可以看到，这种文件就是用来存储序列比对信息的。SAM文件是一种纯文本文件，分为两个部分，头部head section和正文的比对部分alignme...
SAM数据格式学习3之官方文档
Keep Learning
04-29 829
SAM数据格式学习3之官方文档 http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf 其他详细格式： https://github.com/samtools/hts-specs 里面很详细
生信必会格式：SAM&BAM
鬼话
03-24 598
对SAM、BAM、CRAM格式的简单介绍
生物信息学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,vcf)
qq_45794091的博客
10-06 1万+
每一种生物软件都有固定的文件格式要求。了解文件格式才能快速分辨文件的功能。从某种意义上来说，生物信息分析的过程就是进行各种文件格式的转换过程。例如当前很多分析都可以概括为从fastq到bam，从bam到vcf的过程。
bam/sam文件格式小解（记录向）
qq_38662757的博客
10-11 3156
这是一张自己截的sam文件图，bam文件是sam的二进制格式。 仅供参考。 sam文件一般比较大，读取sam文件在linux可以直接samtools view .sam，在windows下可以用LogView，也可以其他的读取程序 第一行可以看到是15号染色体，长度信息，不用管。 第二行显示比对工具和比对命令，也不用管。 从第三行开始正文，每一行代表一个read的匹配信息。可以看到前两行名字（第一......
【bioinfo】根据sam文件中的MD标签判断reads比对情况
lillianqdzpw
10-20 647
MD标签是值：比对上的相对位置信息和错误信息。根据MD标签判断read的比对情况。
【bioinfo】sam文件可选区域字段(Optional Feild)含义
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08-04 1100
SAM文件可选字段说明 上面两个链接是关于sam文件格式的官方说明文档，第一个包含所有字段，但对可选字段的说明比较简略，第二个是对可选字段的详细说明。这里根据官方文档，说明一下可选字段的具体含义。 下面是sam文件的示例，其中第12列及以之后（红色框）就是可选字段： 可选字段说明 可选字段的构成格式: TAG:TYPE:VALUE，例如，上面sam文件示例，可选............
生信数据常见文件格式
Rys_Ben_Blogs
05-22 262
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SAM/BAM文件格式标签详解
SAM文件格式规范定义了如何组织和表示这些比对记录，包括可选字段，而BAM文件则提供了更紧凑的存储方式。这个文档——“BAM文件标签含义.pdf”——详细解释了BAM文件中各种预定义的标准标签及其含义。 文档中提到了...
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