linkequa的博客

原创 方差与协方差

方差是一种特殊的协方差。

原创 gzip不同压缩等级的区别

Gzip supports different compression levels, which range from 1 (fastest, least compression) to 9 (slowest, most compression). Here’s what each level generally means:Level 1 (Fastest): This is the fastest compression level, which results in the least amount

原创 Bootstrapping、Bagging 和 Boosting

bagging方法如下：bagging和boosting比较

原创 玻尔兹曼分布

原创 孟德尔随机化

IVW的应用前提是所有的SNP均为有效的工具变量且相互之间完全独立。②加权中位数估计（Weighted median,WM）：WM为所有的个体SNP效应值按照权重排序后得到的分布函数的中位数。当至少50%的信息来自于有效的工具变量时，WM可得到稳健的估计值。该基因型与年龄、性别等混杂因素无关。②估计工具变量对结局的作用，工具变量对结局的作用也是从所有的研究中估计出来的整体效应，这样可以拒绝单个研究的偏倚。①找工具变量，从其他研究中挑选特定基因作为工具变量，从基因库中挑选需要的和暴露相关的基因变量SNPs。

原创 二进制分割策略

原创 辛普森法则

原创 两个beta函数乘积积分的含义

这个积分实际上是在计算所有导致 ( X ) 取特定值 ( x ) 的 ( V ) 和 ( U ) 的组合的概率。由于 ( V ) 和 ( U ) 是独立的，我们可以分别对它们的概率密度函数进行积分。总之，两个Beta分布的卷积积分是一个强大的工具，它允许我们结合两个概率分布的信息，以预测它们的和或总和的分布。其中 ( B(\alpha, \beta) ) 是Beta函数，用于归一化概率密度函数，确保积分等于1。这个积分表示了所有可能的 ( V ) 和 ( U ) 的组合，它们的和等于 ( x ) 的概率。

原创 sam格式总结

256： 代表这个序列不是主要的比对，一条序列可能比对到参考序列的多个位置，只有一个是首要的比对位置，其他都是次要的。8： 代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上，比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上。153 = 128+16+8+1（R2比对到负链接，R1没有匹配上）163 = 128+32+2+1（R2完全匹配，R1比对到负链）99 = 64+32+2+1 （R2比对到负链，R1完全匹配）32 ：代表这个序列对应的另一端序列比对到参考序列的负链上。

原创 似然比检验、wald 检验以及拉格朗日乘子检验

此三大检验是对模型好坏进行检验的常用方法。

原创 为什么白昼最长的地方不是在太阳的直射点

太阳直射：赤道地区接收到太阳的直接垂直照射。因为赤道几乎是地球的中心线，太阳光线在这里的入射角度最小，能量密度最大，导致该地区接收到的日射量最高，从而使地表温度升高。地球自转效应：地球自转会导致赤道地区在一天内更长时间地处于太阳直射下，这使得地表有更多时间吸收太阳能量，进一步增加温度。大气对流：赤道地区的高温促进了大气的上升运动，形成了强烈的对流。这种对流不仅加强了热量的传递和分布，也影响了该地区的气候模式。

原创 TCGA masked cnv含义

Masked copy number segments are generated using the same method except that a filtering step is performed that removes the Y chromosome and probe sets that were previously indicated to be associated with frequent germline copy-number variation.

原创 使用install.package（）和从命令行R CMD INSTALL安装R包的区别

A major difference between installing R packages using the R package installer at the R command line and shell command line is that package dependencies must be resolved manually at the shell command line.从使用的角度讲没区别

原创 HISAT2双端read比对结果解释

(51100+57804+33582+277922+1144382)/(4165142)=0.4803

原创 R 设置错误信息的长度

最近运行代码报错，查看错误信息时发现错误信息只显示了一半，原因是错误信息太长了，默认的设置显示不完（默认设置有点傻），搜索了半天在解决了，解决方法是用下面的命令去设置输出错误信息的长度：options(warning.length = 5000)

原创 PCA和LDA

PCA is an unsupervised method that tries to find the directions of maximum variance in the data. It projects the data onto a new set of orthogonal axes, called principal components, that capture as much of the variability as possible. The first principal c

原创 MDS，PCoA和PCA

Non-metric的MDS就叫做Principal Coordinates Analysis（PCoA），它跟PCA的区别在于用距离矩阵代替了PCA中的观察值。MDS分为两种类型：1，metric MDS，它使用距离矩阵进行计算；2，Non-metric MDS，用距离的排序构造矩阵。MDS: A distance matrix.（这里的距离包含各种各样的距离，或者距离的rank）

原创 平均值和方差的点估计、区间估计

0，预备知识0.1，中心极限定理0.2，均值的标准误差0.3，卡方分布1，总体均值的无偏估计量2.1，当总体方差已知时对样本均值的描述（Z统计量）2.2，当总体方差未知时对样本均值的描述（t统计量）3.1，当总体方差已知，或者大样本量（n>200，总体方差未知）时，总体均值的区间估计。（在实际操作过程中会对样本进行抽样，每次取n个数出来，算平均值，这些平均值的期望就是对总体方差的无偏估计）3.2，当总体方差未知，总体均值的区间估计。4.1，总体方差的点估计（对任何分布

原创 为什么样本方差（sample variance）的分母是 n-1？

https://www.zhihu.com/question/20099757

转载 RR、OR和HR区别

1，在医学统计学中，有三个关于比值的概念，分别为相对危险度（relative risk，RR，也称 risk ratio）、风险比（hazard ratio，HR）和优势比（odds ratio，OR）。很多同行一看见这三个概念就容易混绕。在此，笔者拟谈谈如何正确理解这三个概念的区别和联系。我们以病因学研究为例，先谈谈 OR 与 RR 的区别，因为这两个指标均可以从四格表中衍生出来。我们先来看看两个关于吸烟与肺癌的例子：RR(Relative Risk) - 相对危险度RR(Relative Risk

原创 拟牛顿法quasi-Newton method

拟牛顿法Quasi-Newton methods是一种以牛顿法为基础设计的，求解非线性方程组或连续的最优化问题函数的零点或极大、极小值的算法。当牛顿法中所要求计算的雅可比矩阵或Hessian矩阵难以甚至无法计算时，拟牛顿法便可派上用场。

原创 医疗器械编号查看

原创 python3中if和else只能执行一个

【代码】python3中if和else只能执行一个。

原创 beta distribution （beta分布）

https://homepage.divms.uiowa.edu/~mbognar/applets/beta.html

原创 GSEA p-value和FDR计算方法

Estimating Significance. We assess the significance of an observed ES by comparing it with the set of scores ESNULL computed with randomly assigned phenotypes.Multiple Hypothesis Testing.Create a histogram of all NES(S, π) over all S and π. Use this null d

原创 bash常用命令

Reference。

原创 最大似然估计（Maximum Likelihood Estimation）

如果我们拿到一组值，不知道这组值对应的分布的参数，甚至都不知道这组值服从何种分布，我们推测可能分布的参数，我们给这个参数取不同的值，计算这些点发生概率的乘积，这就是似然。我们要找到概率最大时（即最大似然）对应的参数值，此时的参数值最有可能是真实分布的参数值。在某个分布的参数已知的情况下，计算某个值（或一组值、一个区间）出现的概率，概率是用原因推测结果，给定某个分布，理论情况下事件发生的频率跟我们计算出来的概率是一样的。

原创 batch normalization与layer normalization

batch normalization常用在CNN上，而用layer normalization用在RNN和transformer上更合适，因为序列数据的长度不一，导致有些特征在部分样本中没有，给基于特征的标准化带来了麻烦。

原创 多层感知机（Multilayer Perceptron, MLP）

【代码】多层感知机（Multilayer Perceptron, MLP）

原创 感知机介绍

Note:<>在数学中通常指求期望的意思。假设我们用感知机区分cat和dog，使用下面三个特征：x1: color of hair；cat 用+1表示，dog用-1表示（对应到σx\sigma(x)σx函数的话，当函数结果为1时，判定为cat，为0时，判定为dog）。三个特征对应有三个权重w1, w2, w3。

原创 bismark和bsmap比对原理

任意取一条比对后的reads，经过PCR后得到BSW,BSWR,BSC,BSCR四种reads，因为BSW和BSWR完全互补，BSC和BSCR完全互补，我们只需要取BSW和BSCR去查看就好了（如果BSW能比对上，那么BSWR一定也可以比对上）。1，watson链和crick链都用来做参考基因组，这样只要容许有T比对到C或者T上，就可以实现所有的比对；2，只用watson链做参考基因组，既需要容许有T比对到C或者T上，又需要容许A比对到A或G上。

原创 为什么DNA选用T而RNA选用U

1，Thymine相比于Uracil，对光化学有更强的抵抗性，能保证DNA的稳定性；2，Uracil相比于Thymine，更不容易被氧化，Thymine在细胞核中接触不到氧，所以氧化作用对其伤害不大；Uracil在细胞核外，对氧化作用的抵抗更强。

原创 chi-square, McNemar‘ exact, Mantel-Haenszel, Kappa, Fisher exact test区别

1，chi-square test2， McNemar’ exact test3，Mantel-Haenszel test4，Kappa test5，Fisher exact test

原创 MAC PS更换登记照背景颜色

1，导入图片，用快速选择工具或魔棒选择人物头像，然后反向选择，按delete键就可以将背景颜色去掉；2，将图片复制为一个新的图层；3，再新建一个图层，用油漆桶工具将该图层变成任意你想要的颜色；4，将步骤2的图层拖到步骤3的图层上，就基本完成了。5，用橡皮擦工具将图片不完美的地方擦除即可。...

转载 super(XXX, self).__init__()在类中的作用

这是对继承自父类的属性进行初始化,而且是用父类的初始化方法来初始化继承的属性.也就是说,子类继承了父类的所有属性和方法,class EfficientDetBackbone(nn.Module):def init(self, num_classes=80, compound_coef=0, load_weights=False, **kwargs):super(EfficientDetBackbone, self).init()比如上例中,先找到 EfficientDetBackbone的父类nn.

原创 常用序列比对算法总结

常用比对算法总结

原创 MAC 合并多个jpg文件为PDF

1，将所有图片选中，用预览打开，这样所有的图片出现在同一个文件中；2，command + P ，就会出来打印界面；3，在打印界面将文件另存为PDF。

原创 R和R squared用法总结

1，RRRThe correlation coefficient, usually denoted by the symbol r, is a measure of the linear relationship between two variables, such as x and y. r is also called the product moment correlation coefficient, or Pearson’s correlation coefficient.2，R2R^2R2

原创 MAC电脑word关联endnote

1，关闭word，打开endnote2，点击customizer3，根据提示完成下面这些操作

原创 人类所有rRNA列表

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