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RSS订阅原创 JavaScript_02_notes
是按照顺序反复多次执行一段程序，通常会有明确的终止条件。和。使用这两个特性，能够更清晰、高效、方便地实现迭代。指任何实现的对象。每个迭代器都会关联一个，而迭代器会暴露该对象的 API。迭代器无须了解该对象的结构，只需要知道如何取得连续的值。结构拥有在一个函数块内暂停和恢复代码执行的能力。其形式是一个函数，在函数名称前面加一个星号（ *）表示。调用生成器函数会产生一个，它一开始处于暂停执行（suspended）的状态。调用next()方法会让生成器开始或恢复执行。yield。
2024-02-18 10:39:51
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原创 使用Pipeline和ColumnTransformer提升机器学习代码质量
机器学习项目中最冗长的步骤通常是数据清洗和预处理，库中的Pipeline和 and通过一次封装替代逐步运行transformation步骤，从而减少冗余代码量。
2024-01-09 22:49:30
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原创 深度学习中氨基酸序列的编码方法
随着AI算法创新和算力提升，叠加生物（组学）数据（指数级）增长，深度学习在生信领域中的应用也愈加广泛。具体到蛋白领域，深度学习已经在三级结构预测、新抗原预测等场景中取得了当前最优的预测性能。在实际应用时，为了将氨基酸序列输入深度学习模型，需要通过编码方法将其转化为数字表示。本文介绍了几种常见的编码方法。
2024-01-02 08:01:22
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原创 MaxQuant的安装和使用（linux OR windows）
MaxQuant 是一款定量蛋白质组学软件包，支持多种标记定量和无标定量的质谱数据。
2023-10-30 11:27:24
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原创 生信数据下载汇总
①下载网址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/预格式化数据库，如n[tr]*tar.gz等，推荐优先使用。FASTA序列，可以从格式化数据库提取。
2023-10-26 10:11:41
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原创 【work around】可执行文件（编译时）glibc版本小于运行环境（运行时）glibc版本
可执行文件中GLIBC版本大于运行环境的work around。
2023-10-16 14:17:38
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原创 Nextflow的基本概念和使用方法
基本概念channel用于连接process。process构成流程的基本单元，可以包括directives, inputs, outputs, when clause, script等五部分，语法如下：process < name > { [ directives ] input: <input qualifier> <input name> [from <source channel>] [attributes]
2022-04-30 20:13:45
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原创 Gitlab简介
使用gitlab常用命令https://www.cnblogs.com/ray-mmss/p/10861703.htmlgitlab之一: gitlab安装配置使用https://www.cnblogs.com/yitianyouyitian/p/9214940.htmlGitlab磁盘空间问题 针对Prometheushttps://blog.csdn.net/johnchensz/article/details/106414335Monitoring GitLab with Prometh
2021-07-12 23:10:47
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原创 [摘录] 使用linux搭建流程的一些技术细节
set 命令参数作用set -e若指令传回值不等于0，则立即退出shell。set -o pipelineset -x执行指令后，会先显示该指令及所其参数。set -u当执行时使用到未定义变量，则显示错误信息。# 写法1set -euxo pipefail# 写法2bash -euxo pipefail script.shLinux set命令Bash 脚本 set 命令教程Bash 错误处理如果脚本里面有运行失败的命令（返回值非0），
2021-06-28 21:40:50
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原创 C语言学习笔记--基本概念
1. 安装安装：集成开发环境（IDE）：集成开发的各个部分（编辑、编译、链接、执行、调试等）的软件包。2. Hello world示例代码1：pun.c/* * Name: pun.c * Author: K. N. King, Rys */# include <stdio.h> /* header: <stdio.h> */int main (void) /*int: 函数将返回一个整数值; void: 函数没有参数*/{ printf(
2021-06-12 10:50:22
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原创 html 入门
Header 1A paragraph.<html> <head> </head> <body> </body></html>head标签描述style1) 定义样式信息. 2) type=“text/css” 定义 style 元素的内容,body标签描述...
2021-05-24 23:00:38
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原创 计算机基础知识
概览1. CPUCPU的重要组件及其功能如下。逻辑算数单元（ALU）：寄存器：控制器：多核CPU：包含2个以上CPU（cores）的单个芯片，也称为Sockets。Hyper-Threading：2. Memory3. I/OA1. 分布式文件系统（DFS）NFS...
2021-05-22 09:05:03
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原创 Torrent_Suite_Software
1. Plugin System1.1 入门插件是通用分析流程的扩展，表现为在流程不同环节执行的python模块。1.1.1 快速开始'''vi Myplugin/MyPlugin.py # belowzip -r –exclude=*.git* mp.zip MyPluginupload, run'''import subprocessfrom ion.plugin import *class MyPlugin(IonPlugin):# Must inherit from
2021-04-12 23:11:16
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原创 软件工程入门笔记
文章目录软件生命周期模型瀑布模型（快速）原型模型增量模型迭代模型敏捷开发思想敏捷软件开发宣言（2001）敏捷 VS. 瀑布敏捷实践学习笔记摘录于：宝玉.《软件工程之美》软件开发过程（软件项目周期）可以分为需求定义与分析、设计、实现、测试、交付和维护。基于此衍生出最基础的过程模型——瀑布模型。但是由于周期较长等缺点，又在瀑布模型基础上提出了V模型、原型设计、增量模型、螺旋模型等，已改善前者的一些缺陷。到90年代，各种轻量级开发方法不断被提出，又形成了敏捷开发。软件工程 = 过程 + 方法 + 工具
2021-03-28 22:53:44
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原创 Perl 入门笔记
文章目录1. 数据类型和结构标量（scalar）数字字符串列表（list）和数组（array）Larry 在20世纪80年代设计创建了 Perl，现在由 Perl5 Porters 团队维护 。Perl 语法简洁，适合处理与文字有关的任务。CPAN 是一个存放用 Perl 编写的软件及其文档的网络存档，在全球有数百个镜像站点。1. 数据类型和结构A variable is a name for a container that holds one or more values.A scalar
2021-03-26 17:38:03
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原创 生信分析流程框架概述
makeCommon Workflow Language (CWL)CWL是一种描述命令行工具并将它们连接在一起以创建工作流的规范。CWL文件使用YAML或JSON格式编写。调用形式一般为 cwl-runner [tool-or-workflow-description] [input-job-settings]，即工作流描述和输入文件作为参数提供给CWL运行器。例1. cwl-runner echo.cwl echo_input.yaml#############################
2021-03-18 22:50:00
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原创 算法思维：递归，分治，排序，动态规划
文章目录1. 递归1.1 算法思想1.2 案例1) 汉诺塔2) 斐波那切数列1. 递归递归（Recursion）：在函数的定义中使用函数自身的方法。1.1 算法思想递归的基本思想是把规模大的问题拆解为规模小的，相同的子问题来解决（递推公式）。并且解决问题的函数必须有明确的结束条件（终止条件）。其数学模型是归纳法。1.2 案例1) 汉诺塔大梵天做了三根金刚石柱子，在一根柱子上从小到大摞着64片黄金圆盘。它命令婆罗门把圆盘按原有顺序摆放到另一根柱子上，要求每次只能移动一个盘子，且小盘上不能放大
2021-03-06 21:15:31
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原创 常见数据结构的简介（基本概念 & 操作 & 时间复杂度）
文章目录0. 概览1. 线性表、栈和队列2. 数组2.1 基本操作1) 时间复杂度2) 案例3. 字符串3.1 存储结构3.2 基本操作1) 时间复杂度2) 案例：最大公共字符串4. 二叉树4.1 储存结构4.2 基本操作《重学数据结构与算法》学习笔记0. 概览数据结构增删查特点线性表变长栈队列数组O(1), O(n)O(1),O(n)O(1), O(n)定长字符串二叉树哈希表1
2021-03-05 14:30:28
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原创 向量空间模型
1. 基础1.1 向量空间如果 V 满足向量的加法和乘法封闭性，我们就称 V 是 F 上的向量空间。1.2 向量间的距离曼哈顿距离欧氏距离切比雪夫距离闵氏距离1.3 向量长度L1 范数 ∣∣x∣∣ ，它是为 x 向量各个元素绝对值之和，对应于向量 x 和原点之间的曼哈顿距离。L2 范数 ∣∣x∣∣2 ，它是 x 向量各个元素平方和的 1/2 次方，对应于向量 x 和原点之间的欧氏距离。Lp 范数 ∣∣x∣∣p ，为 x 向量各个元素绝对值 p 次方和的 1/
2021-02-19 22:50:50
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原创 显著性检验
1. 基本概念两组数据的差异可能来源于：(1) 分布差异。(2)抽样误差，见上图。其中由分布造成的差异被称作显著性差异。统计假设检验是指事先对随机变量的参数或总体分布做出一个假设（Null Hypothesis, H0），然后根据样本信息决定是否拒绝原假设。具体步骤如下。在原假设条件下，计算事件发生，即样本出现的概率(p value)。若概率小于显著性水平(α)，则拒绝原假设；否则，接受原假设。显著性检验的原假设是多组数据来自于同一个分布。2. 种类2.1 t检验2.2 方差分析（ANO
2021-02-18 21:22:17
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netMHCpan-4.1b.Linux.tar.gz
2023-10-12
空空如也
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