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原创 Linux实操——salmon报错:error while loading shared libraries: libboost_iostreams.so.1.60.0
生物信息学实操——salmon报错:error while loading shared libraries: libboost_iostreams.so.1.60.0。
2024-07-10 09:50:56 511 2
原创 R语言实操记录——R包无法安装,报错:Warning in system(cmd) : ‘make‘ not found
R语言实操记录——R包无法安装,报错:Warning in system(cmd) : ‘make‘ not found。
2023-11-27 22:11:34 4756 1
原创 R语言——报错:Error in (function (classes, fdef, mtable):函数‘select’标签‘“data.frame“’找不到继承方法
R语言——报错:Error in (function (classes, fdef, mtable):函数‘select’标签‘“data.frame”’找不到继承方法。
2023-10-23 16:08:58 5223
原创 生物信息学——文件格式 pileup详解
每一种生物软件都有固定的文件格式要求。了解文件格式才能快速分辨文件的功能。从某种意义上来说,生物信息分析的过程就是进行各种文件格式的转换过程。
2023-10-18 08:38:57 982
原创 R语言R包详解——stringr包:字符处理
函数功能str_c字符串拼接str_trim去掉字符串的空格和TAB(\t)str_pad补充字符串的长度str_dup复制字符串str_wrap控制字符串输出格式str_sub截取字符串str_subset返回匹配的字符串word从文本中提取单词str_count字符串计数str_length字符串长度str_sort字符串值排序str_order字符串索引排序,规则同str_sortstr_split字符串分割字符串分割,同str_split。
2023-10-10 22:37:22 1862
原创 生物信息学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,vcf)
每一种生物软件都有固定的文件格式要求。了解文件格式才能快速分辨文件的功能。从某种意义上来说,生物信息分析的过程就是进行各种文件格式的转换过程。例如当前很多分析都可以概括为从fastq到bam,从bam到vcf的过程。
2023-10-06 11:58:33 9642
原创 Python3学习笔记——第一章:基础入门
讲几个对编程有用的点Python 是一种高级编程语言,它具有以下特点:易学易用:Python 是开源的,其具有简洁的语法,清晰的语言结构,和相对较少的关键字。Python 的代码可读性强,代码块使用缩进来表示,这使得代码结构更加清晰。无编译环节:Python 是一种解释型语言, 这意味着开发过程中没有了编译这个环节。类似于PHP和Perl语言。跨平台性:Python 可以在多个操作系统上运行,包括Windows、macOS、Linux等,因此具有很强的跨平台性。多用途。
2023-10-02 19:03:05 491
原创 Python——ASCII编码与Unicode(UTF-8,UTF-16 和 UTF-32)编码
Python——ASCII编码与Unicode(UTF-8,UTF-16 和 UTF-32)编码。
2023-10-02 17:47:17 1137
原创 机器学习学习笔记——第二章:模型评估与选择
介绍了一下如何获得一个符合需求的学习模型,涉及到一些名词解释,例如经验误差,泛化误差,过拟合,欠拟合等,获得一个好的学习模型,需要经过评估方法,性能度量,比较检验获得。
2023-07-14 17:12:00 893 1
原创 生物信息学——常见的OrgDB包
物种OrgDB人(Humanm)org.Hs.eg.db小鼠(Mouse)org.Mm.eg.db猪(Pig)org.Ss.eg.db按蚊(Anopheles)org.Ag.eg.db拟南芥(Arabidopsis)org.At.tair.db牛(Brovine)org.Bt.eg.db蠕虫(Worm)org.Ce.eg.db犬(Canine)org.Cf.eg.db苍蝇(Fly)org.Dm.eg.db斑马鱼(Ze
2023-06-20 15:48:46 2117 2
原创 R语言学习笔记——扩展篇:第十九章-使用ggplot2进行高级绘图
具体介绍如何利用ggplot2包作图,包括用几何函数指定图的类型,分组(重叠图形),刻面(并排图形),添加光滑曲线,修改ggplot2图形的外观(坐标轴,图例,标尺,主题,多重图,颜色集),保存图形。
2022-12-20 15:32:01 3277
原创 R语言学习笔记——高级篇:第十四章-主成分分析和因子分析
详细介绍了主成分分析(PCA)和因子分析(EFA)的流程。1、判断主成分(因子)的个数2、提取主成分(因子)3、主成分(因子)旋转4、获取主成分(因子)得分
2022-12-18 21:31:59 4038 1
原创 R语言学习笔记——基础篇:第六章-基本图形
展示单类别型或连续型变量的分布情况的绘图方法。包括:条形图,饼图,直方图,核密度图(叠加的核密度图),箱线图(并列箱线图,小提琴图),轴须图,点图的绘制方法
2022-12-11 18:43:47 795
原创 R语言学习笔记——入门篇:第五章-高级数据管理
本章总结了用于处理数据的数学,统计,概率以及一些列常用函数。总结了循环语句(for,while)与条件语句(if-else,ifelse,switch)。总结了折叠,整合,重构数据的多种方法。
2022-12-07 16:30:49 1163
原创 R语言学习笔记——入门篇:第四章-基本数据管理
基本的数据管理操作,包含了创建新变量,变量的重命名与重编码,对缺失值,日期值的操作,对数据类型进行转化,对数据进行排序,对数据集进行合并,取子集的操作等
2022-12-04 22:01:18 470
原创 R语言实操记录——获取包的三种渠道及安装包的三种方式
一、获取包的三种渠道二、安装包的三种方式2.1、CRAN2.2、Bioconductor2.3、Github
2022-11-09 10:52:05 6416
原创 Python——Python程序的文件头部声明
Python文件头部声明:#!/usr/bin/env python# coding=utf-8
2022-11-03 15:51:06 5067
原创 Python——报错:ImportError: No module named ***
Python——报错:ImportError: No module named ***
2022-11-02 22:37:04 12122
原创 R语言学习笔记——入门篇:第三章-图形初阶
基础绘图函数:plot( )图形控制函数:dev( )直方图函数:hist( ),低级绘图函数:用来修饰图形,图形参数(符号与线条,颜色,文本属性,图形与边界尺寸),添加标题,自定义坐标轴,图例,次要刻度线和网格线,图形的组合(par( )函数,layout( )函数),图形布局的精细控制
2022-10-29 20:10:12 1522
原创 R语言学习笔记——入门篇:第二章-创建数据集
数据集的概念,数据结构(向量,矩阵,数组,数据框(attach( ),detach( ),with( )),因子,列表),数据的输入三、数据的输入(R内置的文本编辑器,代码中嵌套数据,导入带分隔符的文本数据(.txt, .csv),Excel,XML,网页抓取,SPSS,SAS,Stata,NetCDF数据),数据集的标注,函数总结。
2022-10-26 23:16:45 1779
原创 R语言学习笔记——入门篇:第一章-R语言介绍
R语言简介,R软件的安装(Windows/Mac,Linux/Unix)RStudio的安装,R语言的基本操作,R语言中的赋值(= 与
2022-10-24 20:38:43 2708
原创 Linux7.6—Shell编程 学习笔记 第三章:Shell高级进阶
Shell运算符(算数运算符,关系运算符,布尔(逻辑)运算符,短路运算符,字符串运算符,文件测试运算符),命令解析(``,$()),()、[]、{}、(())、[[]]等各种括号的使用,逻辑运算,算数运算,短路运算的区别,echo打印数据,test命令,Shell流程控制(if,case,for,while,break,continue),Shell自定义函数。
2022-08-31 21:40:20 874 1
原创 Linux7.6 学习笔记 第十章:Linux的软件安装
Linux的软件安装,查找与配置Linux中的环境变量,软件的两种安装方式(RPM(安装包)安装以jdk8为例,压缩包解压安装(tar.gz)以Tomcat为例)Yum安装的作用与相关命令,更换yum源,wget命令详解,Mysql数据库的安装。
2022-08-13 15:36:20 616
生物信息学专业,GEO数据库挖掘进行ID转换时,常用的GPL平台对应的BIOconductor的R包总结
2023-02-09
Linux-CentOS 7.6 系统初始化脚本
2022-09-19
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