c语言测序,Hi-C测序

案例一 Hi-C技术揭示CTCF位点分化与染色质结构域进化相关

Comparative Hi-C Reveals that CTCF Underlies Evolution

of Chromosomal Domain Architecture

期刊：Cell reports

影响因子：8.358

发表单位： Cancer Institute, University College London

发表年份：2015年3月

一、研究背景

CTCF(CCCTC-binding factor)是广泛存在于真核生物中的多功能转录因子，又名11锌指蛋白，与绝缘子(真核生物基因组的调控元件之一，功能为阻止临近调控元件，对它所界定基因的启动子起增强或者阻遏的作用)的活性密切相关。人类基因组有将近一万五千个CTCF绝缘体位点，说明CTCF在基因调控方面的功能非常广泛。2015年3月，VietriRudan等报道了利用Hi-C技术研究揭示CTCF具有促进基因组结构变化的重要作用。这项研究比较了四种哺乳动物的CTCF作用位点，呈现了绝缘子位点分化与染色质结构域的进化存在直接联系，该成果发表于Cell Reports(IF=8.358)上，为转录因子的研究提供了新的思路与方法。

二、方法流程

取材

小鼠、兔子、猴子、狗的肝细胞，每个物种的细胞量达到1~5X107个

建库

1. 甲醛固定

2. HindIII酶切

3. 末端修复，加生物素

4. 连接酶连接

5. 提取DNA6. 磁柱纯化

测序

利用HindIII进行酶切，PE75测序，测序平台为Illumina HiSeq

分析

1. CTCF结合位点分析

2. CTCF的进化动态与染色体的

拓扑结构域的相关性

3. 通过Hi-C数据比较染色体拓

扑结构域

4. CTCF结合的变异驱动染色体

结构的变异