qiime2安装

conda的方式安装

安装：https://docs.qiime2.org/2022.2/install/native/#miniconda
使用：https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/838

1、安装

sudo conda update conda
sudo wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2022.2-py38-linux-conda.yml
conda env create -n qiime2-2022.2 --file qiime2-2022.2-py38-linux-conda.yml

启动qiime环境

conda activate qiime2-2022.2

退出qiime环境

conda deactivate qiime2-2022.2

测试qiime是否安装成功

qiime -help

conda展示env

conda info

删除环境

conda remove -n qiime2-2022.2 --all

FAQ

如果执行conda update conda时一直停留在conda update conda转圈，考虑以下原因：
1、源链接响应慢，可以添加其他源：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --set show_channel_urls yes

设置防火墙

conda config --set ssl_verify: false

然后清除缓存，重新update

conda clean --all
conda update --all