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RSS订阅原创 bcftools ./configure失败报错
bcftools安装报错：1）configure: error: libbzip2 development files not found；2）configure: error: liblzma development files not found
2023-04-01 22:36:44
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原创 fatal: The upstream branch of your current branch does not match the name of your current branch.
git error; fatal: The upstream branch of your current branch does not matchthe name of your current branch.
2022-06-21 12:24:53
542
原创 qiime2安装
conda的方式安装安装：https://docs.qiime2.org/2022.2/install/native/#miniconda使用：https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/8381、安装sudo /opt/miniconda3/bin/conda update condasudo wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2022.2-py38-linux-conda.yml
2022-03-11 14:57:17
1425
原创 git ignore：忽略不想上传的文件或目录
1、将不想上传的文件写在.gitignore中配置规则如下：# # 此为注释 – 将被 Git 忽略*.bak # 忽略所有 .bak 结尾的文件/DB # 仅仅忽略项目根目录下的 DB 文件，不包括 /其他路径/DBdatabase/ # 忽略 database/ 目录下的所有文件file/*.txt # 会忽略 file目录下所有带.txt后缀的文件， 但不包括 file/file2/*.txt!main. # 但 main.txt 除外（排
2022-03-03 14:22:56
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原创 创建 SSH key
创建 SSH key1、检查是否已存在ssh keyls -al ~/.ssh2、生成新的ssh keyssh-keygen -t rsa -C "myemail@example.com"3、输入passphrase（可跳过）设置passphrase后，进行版本控制时，每次与GitHub通信都会要求输入passphrase，以避免某些“失误”4、将新生成的key添加到ssh-agent中# start the ssh-agent in the backgroundeval "$(ssh
2022-03-03 12:19:12
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原创 bedtools2安装报错：fatal error: zlib.h
安装bedtools，执行make报错如下：Building BEDTools:=========================================================DETECTED_VERSION = v2.25.0CURRENT_VERSION = Updating version file. * Creating BamTools API- Building in src/utils/bedFile * compiling bedFile.cppIn
2021-07-28 13:28:34
522
原创 奇怪的问题：control + v（粘贴）时多了00~ ~01
简介不定期多次出现的奇怪问题：复制字符串，粘贴时，粘贴的结果收尾会多一串字符：00~ ~01解决办法printf "\e[?2004l"参考文章bracketed paste mode
2021-07-15 12:00:48
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原创 笔记：CMDB-大规模中国人群体变异频率数据库
CMDB：大规模中国人群体变异频率数据库简介安装1、命令行直接安装2、git安装3、查看帮助信息使用1、API使用许可1.2 使用1.2.1 登录1.2.2 查询1.2.2.1 位点信息查询1.2.2.2 注释到vcf1.2.3 登出简介CMDB（全称是Chinese Millionome Database），大约包含了9M个高质量的变异位点（约占人类基因组总长的0.003）。数据库网站的第一版是参考ExAC做的，使用的底层框架是常见的Nginx+Flask+MongoDB。可通过Genome API
2021-05-13 11:05:03
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原创 Error: mount: 未知的文件系统类型“ntfs”
mount: 未知的文件系统类型“ntfs”问题描述原因解决方法使用参考问题描述执行“mount”挂载外置硬盘时报错，如下：mount: 未知的文件系统类型“ntfs”原因系统不支持ntfs文件。解决方法需要安装软件包（地址：https://www.tuxera.com/company/open-source/）安装命令如下：#下载wget https://tuxera.com/opensource/ntfs-3g_ntfsprogs-2017.3.23.tgz#安装（需要root
2021-05-12 10:21:06
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原创 系统同时支持pip2与pip3
系统同时支持pip2与pip3Today……检查环境安装步骤使用Today……今天一个小姐姐需要在公共服务器上安装pandas，但是服务器的pip默认python3库。安装完后只有python3能用python2仍然检索不到这个包，所以求助了帅气的我（嫩脸一红）……检查环境为了不影响已有的环境配置，期望pip2和3可分开调用，所以先检查环境。1、查询pip默认版本和路径which pippip -V显示默认：pip32、查看已有的python版本ll /usr/bin/python*
2021-05-05 14:26:05
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原创 pypiwin32报错：‘SSLError(SSLEOFError(8, ‘EOF occurred in violation of protocol (_ssl.c:1123)‘))
安装pypiwin32 python -m pip install pypiwin32报错信息Defaulting to user installation because normal site-packages is not writeableWARNING: Retrying (Retry(total=4, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError(SS
2021-04-19 17:30:03
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原创 perl-FAQ
perl 常见报错即处理方法1、Can’t locate Module/Build.pmcpan Module::Build2、make test had returned bad status, won’t install without forcecpan Test::Harness::Straps
2021-03-19 14:01:18
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原创 LOVD数据库
官网：https://www.lovd.nl/3.0/home教程：https://www.lovd.nl/3.0/docs/下载：https://www.lovd.nl/3.0/download数据库列表：https://www.lovd.nl/3.0/public_listFAQ：https://www.lovd.nl/3.0/faq#FAQ02一、 Installing LOVD1、下载并安装XAMPP:下载地址：https://www.apachefriends.org/index..
2021-01-14 15:42:09
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原创 linux安装bedtools2
官网：https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/installation.html$ wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.29.1/bedtools-2.29.1.tar.gz$ tar -zxvf bedtools-2.29.1.tar.gz$ cd bedtools2$ sudo make$ sudo cp bin/bedtools /usr/loca
2021-01-12 02:08:23
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原创 安装tcl8.5.19
下载安装包安装tcl官网：http://www.tcl.tk/doc/howto/compile.html#installcd tcl8.5.0/unixsudo ./configuresudo makesudo make testsudo make install配置Tkcd /annotation/ClassifyCNV-AnnotSV/tk8.5.0/unixsudo mkdir solariscd solarissudo /annotation/ClassifyCNV-An
2021-01-12 01:23:29
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原创 linux所有命令都用不了：-bash: **: 未找到命令
描述：环境变量文件改坏了，不管输入什么命令都显示“-bash: **: 未找到命令”解决办法：终端输入：export PATH=/bin:/usr/bin:$PATH
2021-01-08 17:10:12
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原创 linux常用命令
1、查系统uname -a或cat /etc/issue或lsb_release -a2、查内存free3、查cpuuptime或top4、查看cpu参数——文件/proc/cpuinfo5、查硬盘df或fdisk -l6、查硬盘读写速度iostat -t 1 3
2021-01-06 15:53:14
79
原创 perl实用小功能
1、数组里是否含有元素if (grep { $_ eq $panel } @panel_list){ print"True\n";}
2020-10-30 16:30:40
229
原创 python实用小功能
1、数组元素类型转换a = ["2.34", "934.456", "3.45", "632,345"]b = list(map(float, a))2、数组元素排序1）一般排序templist.sort()2）按值排序a = [1, 22, 45, 8, 99, 3]sorted(a, key=int) # ascending order> [1, 3, 8, 22, 45, 99]sorted(a, key=int, reverse=True)
2020-10-28 17:37:06
157
原创 python报错：Error: ‘PDFDocument‘ object has no attribute ‘set_parser‘
原本代码没有问题，某个瞬间手闲卸载了用了很久的conda3环境，结果，再运行代码的时候各种报错(╥﹏╥)，明明用到的包都安装了……然后耗费了大半天时间终于把环境又配好了，记录一下（哎，怪我手闲）最耗费时间的这个问题主要是按照报错搜不到匹配度很高的信息，也可能是我犯的这个错太低级，并不能称之为错误((。•́︿•̀。）然后最后找到解决办法，就是很简单，注释掉两行就行了，花了我一大段生命值, 吐血总结报错信息doc.set_parser(parser)AttributeError: 'PDFDocu
2020-08-06 18:29:04
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原创 python报错：cannot import name ‘PDFDocument‘ from ‘pdfminer.pdfparser‘ 解决方法
python报错：cannot import name ‘PDFDocument’ from ‘pdfminer.pdfparser’ 解决方法显示报错如下from pdfminer.pdfparser import PDFParser, PDFDocumentImportError: cannot import name 'PDFDocument' from 'pdfminer.pdfparser' 解决办法1、修改模块导入方式from pdfminer.pdfparser import P
2020-08-06 14:04:46
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原创 bed格式转vcf格式
bed格式转vcf格式参考地址：http://rpackages.ianhowson.com/cran/bedr/man/bed2vcf.html软件plinkhttps://www.biostars.org/p/108499/plink --bfile [filename prefix] --recode vcf --out [VCF prefix]
2020-07-18 11:29:57
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原创 mac系统perl安装JSON模块
mac系统perl安装JSON模块安装方法如下：brew install cpanmsudo cpanm install JSON
2020-07-18 11:05:25
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原创 笔记：R输入文件数据处理txt, csv,画饼图
R输入文件数据处理txt, csv, xlsx数据处理1）获取文件类型parts = strsplit(infile, split=".", fixed = TRUE)ftype = parts[[1]][length(parts[[1]])]2）根据文件类型选择输入方式if (ftype == "csv"){ loandata<<-data.frame(read.csv(infile,header = 1));}else if(ftype == "txt"){ loanda
2020-07-01 17:05:45
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原创 笔记：ubuntu安装ps命令查询运行的任务
ubuntu安装ps命令查询运行的任务apt-get update && apt-get install procps
2020-05-22 13:54:33
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原创 笔记：docker启动容器并挂载文件存储
docker启动容器并挂载文件存储用以下命将perl:v5镜像启动一个名为perl_comtiner的容器，并将服务器的/mnt目录挂在到容器的/mnt目录docker run -it --name perl_comtiner -p 8080:80 -v /mnt:/mnt perl:v5 /bin/bash
2020-05-22 13:52:24
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原创 笔记：将配置好的容器打包为镜像
容器镜像制作方法一写Dockerfile方法二将正在运行的容器打包为镜像写Dockerfile<暂无示例>，附上优秀的博文链接以供参考：https://www.jianshu.com/p/575b0b87fe06https://blog.csdn.net/wo18237095579/article/details/80540571将配置好的容器打包为镜像运行如下2步命令将配置好的容器打成镜像:1）暂停运行的容器：docker stop 769adb6d16
2020-05-22 13:51:11
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原创 笔记：centos系统安装bcftools
centos7安装bcftools官网：https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/installation.html下载：https://github.com/arq5x/bedtools2/releases1）下载wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.29.1/bedtools-2.29.1.tar.gz2）解压tar -zxvf bedtools-2
2020-05-22 13:44:46
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原创 笔记：linux/centos/ubuntu系统samtools软件安装
linux/centos/ubuntu系统samtools软件安装1、数据库准备centos系统sudo yum install bzip2-develsudo yum install ncurses-libssudo yum install ncurses-devel ubuntu系统apt-get install bzip2 -yapt-get install libncurses5-dev -yapt-get install liblzma-dev apt-get install
2020-05-22 13:31:21
966
原创 容器docker命令基础操作
docker：容器基础操作docker 安装基础用法实例资源链接Docker-hub官方镜像仓库：https://www.docker.com/products/docker-hubDocker菜鸟教程：https://www.runoob.com/docker/docker-pull-command.htmldocker 安装centossudo yum install dockerubuntusudo apt-get install docker基础用法实例...
2020-05-22 09:44:20
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原创 笔记：mac, centos，ubuntu系统软件安装
软件安装基础通用软件yummake、cmakegccwgetbzip2、zip、unzipvim、git、curl、sudojavamd5其他软件samtools本篇是记录mac, centos，ubuntu系统的软件安装笔记基础通用软件yum1、一般的centos会自带yum，通过以下命令可以查看系统默认安装的yum：rpm -qa|grep yum2、可通过以下命令卸载yum：rpm -e 上述查询到的yum包可在pkgs.org查询Linux及Unit相关系统版本的软件并下载。3
2020-05-21 15:08:13
353
空空如也
Failed last resort of using HTTP::Tiny
2021-07-14
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