大漠综合工具取点阵显示不全_MethSurv：TCGA甲基化分析工具

导语

DNA甲基化是当前研究最多的表观遗传修饰，对于促进胚胎发育，基因组印记和X染色体失活等重要生物过程至关重要。在甲基化研究的技术手段中，Illumina In finium HumanMethylation450（HM450K）芯片，在癌症甲基化组数据集中占主导地位。TCGA数据库中收录的也是450K芯片的数据，今天要介绍的MethSurv就是基于TCGA、 GDAC Firehose数据集中的450K数据，使用Biotab实用程序将下载的甲基化数据与包括生存状态，患者特征（年龄，性别，身高，体重，种族等）以及临床病理特征（例如癌症的分期和等级等）的临床数据进行了匹配在线可视化分析工具。

MethSurv是一个基于CpG甲基化模式进行生存分析的网络工具，有25种不同人类癌症的7358个甲基化数据，使用了Cox比例风险模型开发了用于生存分析的交互式网络工具。MethSurv能够对位于查询基因附近或附近的CpG进行生存分析，还可以提供对查询基因的聚类分析，以将甲基化模式与临床特征相关联，并筛选出每种癌症类型的主要生物标志物。对于不会编程的科研人员来说，MethSurv工具是一个十分有用平台，可以对基于甲基化的癌症生物标记物进行初步筛选评估，在几秒钟内生成分析结果，对甲基化研究带来很多便利。

MethSurv

https://biit.cs.ut.ee/methsurv/

进入MethSurv主页，我们可以看到该网站对于甲基化分析主要分为五个部分，Single CpG、Region based analysis、All cancers、Top biomarkers和Gene visualization，接下来一一介绍：

01 Single CpG

单个CpG位点的甲基化情况

网站提供了单个CpG位点的详细概述，并提供了选择基因组区域选项，将高低甲基化患者群体分为两类临界点。在页面左侧分别选择TCGA不同癌症类型数据集、研究的基因、CpG区域、基因区域、探针、生存分组时的设置方法，最后选择是否校正协变量，大家要要严格按顺序填入或选择要分