数据库生存曲线_SurvivalMeth：甲基化预后分析专用数据库

今天介绍一个特别的甲基化数据库：SurvivalMeth。SurvivalMeth是一个研究DNA甲基化对预后影响的新型数据库，由哈尔滨医科大学李霞教授团队开发，2020年8月份上线。数据库包含来自TCGA，CCLE和GEO的常用数据，记录了多种DMFEs，包括309,465个CpG岛相关元件，104,748个转录相关元件，77,634个重复元件，以及细胞类型特异性的1,689,653个超级增强子(SE)和1,304,902个CTCF结合区进行分析。

甲基化样品、癌症数据分布情况

SurvivalMeth收集了36种癌症的DNA甲基化谱，并允许用户在不同的数据集中查询他们感兴趣的基因，以便预测预后。此外，SurvivalMeth不仅整合了不同的组合，包括单个DMFE、多个DMFE、SEs和临床数据，对预上传数据进行生存分析，还允许上传来自各种疾病的DMFE的定制DNA甲基化图谱进行分析。SurvivalMeth为预后DMFEs提供了全面的资源和自动化分析，包括DMFE甲基化水平、相关分析、临床分析、差异分析、DMFE注释、生存相关结果和生存分析可视化。

SurvivalMeth

http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/survivalmeth/

下面从Pre-Upload、User-Defined两个方面进行介绍。

一、Pre-Upload

Pre-Upload预上传分为Single Case，Multiple Case, Enhancer Case三个子模块，由于运算后返回的内容大同小异，这里主要介绍的是Single 的使用。

Single Case

在此界面中，SurvivalMeth提供了执行多个DMFE生存分析的功能，该功能允许用户分析感兴趣的CpG位点，基因，基因组间隔