python给定dna等分成两个序列_Biopython序列

Biopython序列是指一系列字母，用于表示生物体的蛋白质，DNA或RNA。它由Seq类表示。Seq类在Bio.Seq模块中定义。

下面来看看如何在Biopython中创建一个简单的序列，如下所示：

>>> from Bio.Seq import Seq

>>> seq = Seq("AGCT")

>>> seq

Seq('AGCT')

>>> print(seq)

AGCT

在这里，我们创建了一个简单的蛋白质序列AGCT，每个字母代表丙氨酸，甘氨酸，半胱氨酸和苏氨酸。

每个Seq对象都有两个重要的属性：

data - 实际序列字符串(AGCT)

alphabet - 用于表示序列的类型。例如 DNA序列，RNA序列等。默认情况下，它不代表任何序列，本质上是通用的。

1. Alphabet模块

Seq对象包含Alphabet属性，用于指定序列类型，字母和可能的操作。它在Bio.Alphabet模块中定义。Alphabet可以定义如下：

>>> from Bio.Seq import Seq

>>> myseq = Seq("AGCT")

>>> myseq

Seq('AGCT')

>>> myseq.alphabet

Alphabet()

Alphabet模块提供以下类来表示不同类型的序列。Alphabet是所有字母类型的基类。

SingleLetterAlphabet- 具有大小为1的字母的通用字母。它从Alphabet派生，所有其他字母类型也从它派生。

>>> from Bio.Seq import Seq

>>> from Bio.Alphabet import single_letter_alphabet

>>> test_seq = Seq('AGTACACTGGT', single_letter_alphabet)

>>> test_seq

Seq('AGTACACTGGT', SingleLetterAlphabet())

ProteinAlphabet - 通用单字母蛋白质字母。用法如下：

>>> from