怎么用计算机技术预测蛋白质结构,如何利用同源建模预测蛋白质三级结构

已知蛋白质的一级序列，如何能够获得其三级结构呢？结构生物学领域的科学家们能够利用扫描电镜，核磁共振以及X衍射等手段获得绝大多数蛋白质的结构。但解析蛋白质结构毕竟是一个专门的领域，对于“门外汉”，同时又没有资金委托他人来解析结构的研究者来说，就只能自己预测了。

预测分为从头预测和同源建模。同源建模预测的准确度高于从头预测，尽管依然没有真实测定来的准确。通过对预测结构的分析, 是可以获得很多信息的，比如解释酶的催化机理或者预测蛋白质的突变位点, 推断蛋白质结构与功能的关系等等。那么如何利用同源建模来预测蛋白质的三级结构呢？

同源建模的原理

首先我们要了解同源建模的原理。同源建模具体指的是以与未知结构蛋白具有同源性的已知结构的蛋白作为模版，用生物信息学的方法通过计算机模拟和计算，根据一级序列预测其三维空间结构。

同源建模基于两个原理。第一，一个蛋白质的结构由其氨基酸序列唯一决定，知道其一级序列，在理论上就可以获取其二级结构以及三级结构。第二，蛋白质的三级结构在进化中更稳定或者说更保守。如果两个蛋白质的氨基酸序列有50%相同，那么约有90%的a-碳原子的位置偏差不超过3 Å，这是同源模型化方法在结构预测方面成功的保证。同源建模通常要求模板蛋白与目标蛋白的序列一致性高于30%。

同源建模的步骤

同源建模可以通过以下7个步骤进行[1]：

1、搜索结构模型的模板(T)。

同源建模方法假设两个同源的蛋白质具有相同的骨架。为待预测的蛋白质建立模型时，首先按照同源蛋白质的结构建立模板T。所谓模板是一个已知结构的蛋白质，该蛋白质与目标蛋白质U的序列非常相似。如果找不到这样的模板，则无法运用同源模型法。

2、序列比对。

将目标蛋白质U的序列与模板蛋白质T的