linux系统怎么使用r语言,linux命令行下使用R语言绘图

系统:centos 6.4 64bit

环境安装参考:http://hi.baidu.com/solohac/item/4a18e78f1bef9b5825ebd99c

在R语言中可以使用png()等函数生成图片,例如: png("aa.png")可以生成图片。

但是如果你是通过shell远程连接到系统上,可能会碰到如下错误:

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> png("aa.png")

错误于.External2(C_X11, paste("png::", filename, sep =""), g$width,  :

无法打开PNG设备

此外: 警告信息:

In png("aa.png") : 无法打开链结到X11显示''

分析:

打开R控制台,输入capabilities(),可以看到:

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> capabilities()

jpeg      png     tiff    tcltk      X11     aqua http/ftp  sockets

FALSE    FALSE    FALSE    FALSE    FALSE    FALSE     TRUE     TRUE

libxml     fifo   cledit    iconv      NLS  profmem    cairo

TRUE     TRUE     TRUE     TRUE     TRUE    FALSE    FALSE

可以看到png为false,因为生成图片需要X11,但是shell是没有X11的。

怎么解决:

1.在X11模式下执行R语言命令,也就是在linux的桌面。如果你只是在桌面上画画图,那选择这个方式就可以了。

2.不使用X11生成,使用 图形渲染库Cairo。比如我,需要用脚本,根据实时数据生成统计图,那么用这个方式就很方便。

安装:

启动R控制台

R

安装

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install.packages("Cairo")

会让你选择安装镜像

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--- 在此連線階段时请选用CRAN的鏡子 ---

CRAN mirror

1:0-Cloud2: Argentina (La Plata)

3: Argentina (Mendoza)4: Australia (Canberra)

5: Australia (Melbourne)6: Austria

7: Belgium8: Brazil (BA)

9: Brazil (PR)10: Brazil (RJ)

11: Brazil (SP1)12: Brazil (SP2)

13: Canada (BC)14: Canada (NS)

15: Canada (ON)16: Canada (QC1)

17: Canada (QC2)18: Chile

19: China (Beijing1)20: China (Beijing2)

选一个北京的好了:20

安装出错

configure: error: Cannot find cairo.h! Please install cairo (http://www.cairographics.org/) and/or set CAIRO_CFLAGS/LIBS correspondingly.

所以我们需要先在系统中安装cairo库

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yum -y install cairo* libxt*

安装完成之后,重新执行:install.packages("Cairo")

installing to /usr/local/lib64/R/library/Cairo/libs

** R

** preparingpackage for lazy loading

** help

*** installing help indices

** buildingpackage indices

** testingif installedpackage can be loaded

* DONE (Cairo)

下载的程序包在

‘/tmp/RtmpNlGyf3/downloaded_packages’里

更新'.Library'里的HTML程序包列表

Making'packages.html' ... 做完了。

安装成功。

加载Cairo后,查看支持:

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> library(Cairo)

> Cairo.capabilities()

png   jpeg   tiff    pdf    svg     ps    x11    win raster

TRUE  FALSE  FALSE   TRUE   TRUE   TRUE   TRUE  FALSE   TRUE

说明已经支持用cairo生成图片了。

例如可以使用如下命令生成PNG:

CairoPNG(file="out.png",width=800,height=480)

附上一个测试小程序,主要为了说明用法:

#vim test.r

library(Cairo)

CairoPNG(file="out.png",width=800,height=480)

plot(5,4)

保存后执行:

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[root@localhost ~]# Rscript test.r

R version3.1.0 (2014-04-10) --"Spring Dance"

Copyright (C)2014 The R Foundationfor Statistical Computing

Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

> library(Cairo)

> CairoPNG(file="out.png",width=800,height=480)

> plot(5,4)

>

在当前目录下可以看到生成了图片

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[root@localhost ~]# ll

总用量84

-rw-r--r--.1 root root6832 5月13 10:33 out.png

-rw-r--r--.1 root root71 5月13 10:32 test.r

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