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RSS订阅原创 植物单细胞RNA-seq分析教程5-2025年版
拟时序分析是模拟各个组织之间的发育过程，这里需要根据差异基因进行分析，不同差异基因、不同的软件、不同的参数得到的轨迹是天差地别的，如使用seurat选择的高变基因，使用clusters差异表达基因，使用monocle选择的高变基因。另外细胞组织类型的选择，也有很大的影响。我建议大家都把主流差异基因计算的轨迹都算一次，算出20个左右，然后根据真实的发育规律判断哪一个轨迹适合放到文章里，如叶片一定从叶原基起源，叶原基分布在茎尖分生组织SAM中，所以SAM一定是轨迹开端，需要根据实际情况而选择
2026-02-15 14:56:23
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原创 植物单细胞RNA-seq分析教程2-2025年版
本教程基于银白杨顶芽单细胞测序数据，聚焦 CYC 和 CDK 基因家族参与叶片发育的分子机制，适配有少量生信基础（了解 Linux 基本操作、R 语言入门）的读者。教程共4节，遵循 “软件准备→基础分析→细胞注释→高级挖掘” 的分析流程，代码均来自实际研究，注释结合发表文章核心结果，确保 “代码可复现、结果可解读”。第 1 节：环境搭建，软件安装，参考基因组构建。1.1 核心软件与 R 包安装。
2026-02-14 00:50:47
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原创 有参转录组实战8-基因功能注释_GO_KEGG_swissprot_pfam_TFDB_iTAK
有参转录组实战8-基因功能注释_GO_KEGG_swissprot_pfam_TFDB_iTAK
2024-01-24 14:58:14
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原创 Linux系统安装conda，镜像设置，环境变量
我们来看看在拥有服务器账号后，如何安装conda，conda是一个应用商店，可以通过这个软件来安装各种生信软件，并设置镜像和环境变量。
2023-04-23 12:46:21
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原创 Bioedit软件做测序后的序列比对和序列的反向互补与翻译
我有两段序列，一段是基因组提取出来的CDS序列，一段是PCR出来的测序的序列，我们需要将它们比对，看看有没有碱基的变化。这时候就需要用到Bioedit软件了。
2023-03-16 23:28:03
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原创 一文解决Windows系统上的R、Rtools、Rstudio的安装，镜像设置和BiocManager等R包的安装。
这个教程我做得非常好，不仅安装好了R，Rtools，Rstudio，还设置了镜像，示范安装R包，把许多散乱的教程都统一起来了，R语言初学者值得一看。
2022-12-10 21:39:36
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原创 基因家族的系统进化树-基于Windows系统上的iqtree
今天来讲如何构建系统进化树，使用的软件是iqtree，这是一个基于最大似然法估算的建树软件，可以在Windows系统上运行。
2022-12-10 21:22:03
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原创 TBtools的sequence toolkit常用功能介绍
TBtools的sequence toolkit常用功能介绍，可用于基因组的序列等信息提取
2022-12-10 21:02:16
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空空如也
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