python 凝聚层次聚类_关于层次聚类算法的python实现

from scipy.cluster import hierarchy

0.层次聚类的概念

层次聚类和k-means一样都是很常用的聚类方法。层次聚类是对群体的划分，最终将样本划分为树状的结构。他的基本思路是每个样本先自成一类，然后按照某种规则进行合并，直到只有一类或者某一类的样本只有一个点。层次聚类又分为自底而上的聚合层次聚类和自顶而下的分裂层次聚类。

0.1 聚合层次聚类

每一个点初始为1类，得到N(样本点个数)类，计算每一类之间的距离，计算方法有很多，具体可以参考距离的计算方法。聚合层次聚类方法的终止条件是所有样本点都处于同一类了，或者两类之间的距离超过设置的某个阈值。大多数层次聚类都是聚合层次聚类。

0.2 分裂层次聚类

和聚合层次聚类是反着的，属于自上而下的一种聚类方法。刚开始的时候所有的样本点都位于同一类，然后一步步划分，终止条件是所有的样本点都位于单独的一类，或者两类之间的距离超过设置的某个阈值。

下面这个图可以比较好的说明这个过程：

层次聚类的两种方法

1.凝聚层次聚类算法步骤

1.1 算法过程

1)N个样本单独成类，G1(0)、G2(0)、G3(0)、……、GN(0)，0代表初始状态。

2)更新距离矩阵D(n)，找出D(n)中最小值，把对应的两类合并为1类。

3)更新距离矩阵D(n+1)，重复步骤2-3。

当两类之间