原标题:如何绘制漂亮的“花瓣”韦恩图?
之前在《韦恩图的绘制与个性化调整》一文中介绍过常规韦恩图的画法,在拿到各个集合数据后,如果想画更具个性化的3个“花瓣”韦恩图(如下图),其实你也可以用PPT,Illustrator等手工绘制。
(Nature genetics,2016)
如果想画一些文章中形似“向日葵”、“百日草”之类的韦恩图其实你还可以用OmicShare tools。之前我一直以为OmicShare的韦恩图工具最多只支持5列数据的绘制,其实它还有隐藏的彩蛋:当你的数据超过5列之后,OmicShare默认绘制漂亮的“花瓣”韦恩图!
下面就一起看下如何绘制“花瓣”韦恩图吧~
数据准备
为了便于理解和展示,这里用到的数据非常简单:7列数据(可视作7个样本的数据)有3个gene ID完全一样,另外3个 gene ID完全不同,也就是说每个样本都有3个特有的基因,如下图。
然后,将表格中的数据另存为制表符分隔的txt文件。
韦恩图绘制
登陆OmicShare后,通过 我的软件/基础绘图 单击韦恩图工具,如下图,便可进入数据选择提交页面。
点击 选择文件 按钮,选择刚才保存的制表符分隔的txt文件,然后点蓝色的提交按钮即可完成绘制。
在我的任务页面点刷新任务状态按钮之后,点结果预览按钮 可查看绘制的结果。
在结果预览窗口,你可以更改字体的大小和每片花瓣的颜色,点击花瓣上的数字可查看对应的gene ID,你可以对感兴趣的gene ID的集合以表格的形式下载下来,方便做进一步的研究。当然你也可以点查看结果按钮,把整体结果下载下来。
最后,下载svg格式的矢量图。
个性化调整
感觉“7色花”的花瓣数量还是有点少,我们再增加5列数据,用同样的方法完成绘制。之后用Adobe Illustrator(Ai)可单独调整“花心”和“花瓣”的大小和颜色。
如果不想逐个调整花瓣的颜色,也可以选中花瓣后点击重新着色图稿按钮,如下图虚线框所示,进行整体的配色调整。
你可以在颜色组的下拉列表中选择围绕主色调(下图为红色)的配色方案,实现丰富的色彩搭配效果。
最终的效果如下:
参考文献
Cheng,Feng, etal. Subgenome parallel selection is associated with morphotype diversificationandconvergent crop domestication in Brassica rapa and Brassica oleracea.Nature genetics 48.10 (2016): 1218.返回搜狐,查看更多
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