韦恩图绘制的常用工具

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sadacol3col10chrin
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针对多组数据找彼此间的交集(intersection),常用的R包:
1. 小于等于5 个集合:
VennDiagram包
使用教程:http://blog.qiubio.com:8080/archives/2603
或者使用其在线工具:http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

EulerAPE

2.大于5个集合:
InteractiVenn(2-6 set data): http://www.interactivenn.net/

Heberle, H.; Meirelles, G. V.; da Silva, F. R.; Telles, G. P.; Minghim, R. InteractiVenn: a web-based tool for the analysis of sets through Venn diagrams. BMC Bioinformatics 16:169 (2015).

VENN DIAGRAMS(2-6 set data): http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/
http://bioinformatics.psb.ugent.be/beg/tools/venn-diagrams
http://bioinformatics.psb.ugent.be/beg/

UpSetR包
或者使用其在线工具:http://vcg.github.io/upset/

#Download
#Install the latest released version from CRAN
install.packages("UpSetR")

#Download the latest development code of UpSetR from GitHub using devtools with
devtools::install_github("hms-dbmi/UpSetR")
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在R语言中,绘制韦恩图(Venn Diagram)可以使用VennDiagram包。该包中的venn.diagram函数可以用来绘制韦恩图,下面是该函数的参数解释: 1. x:一个列表,包含需要绘制的集合的元素。 2. filename:输出图像的文件名,包括文件路径和文件扩展名。 3. height:输出图像的高度。 4. width:输出图像的宽度。 5. units:输出图像的单位,如“in”表示英寸,“cm”表示厘米。 6. type:指定韦恩图类型。可以是“elliptic”、“circles”或“square”。 7. category.names:元素名称的字符串向量,与元素在x中的顺序相对应。 8. fill:元素的填充颜色,可以是向量或字符向量。 9. lty:元素的线条类型,可以是向量或字符向量。 10. lwd:元素的线宽,可以是向量或字符向量。 11. cex:文本标签的字符扩展因子。 12. fontfamily:文本标签的字体类型。 13. fontface:文本标签的字体样式。 14. fontcolor:文本标签的颜色。 15. cat.cex:类别标签的字符扩展因子。 16. cat.fontfamily:类别标签的字体类型。 17. cat.fontface:类别标签的字体样式。 18. cat.fontcolor:类别标签的颜色。 19. cat.dist:类别标签与韦恩图之间的距离。 20. cat.pos:类别标签的位置,可以是“bottomright”、“bottomleft”、“topleft”或“topright”。 21. cat.default.pos:类别标签的默认位置。 22. cat.just:类别标签的对齐方式,可以是一个长度为2的向量,比如c(0,1)表示左对齐和顶部对齐。 23. cat.col:类别标签的颜色。 24. cat.fontsize:类别标签的字体大小。 25. euler.d:Euler图在韦恩图中的直径。 26. scaled:是否按比例缩放元素的大小。 27. rotation.degree:元素的旋转角度。 28. ind:一个逻辑向量,用于指定哪些绘图元素应该被忽略。 29. key:是否绘制图例。 30. key.position:图例的位置,可以是“bottomright”、“bottomleft”、“topleft”或“topright”。 31. key.fontsize:图例的字体大小。 32. key.fontfamily:图例的字体类型。 33. key.fontface:图例的字体样式。 34. key.col:图例的颜色。 35. key.box.col:图例的边框颜色。 36. key.box.lwd:图例的边框线宽。 37. key.box.size:图例的边框大小。 38. key.title:图例的标题。 39. key.title.col:图例标题的颜色。 40. key.title.fontsize:图例标题的字体大小。 41. key.title.fontfamily:图例标题的字体类型。 42. key.title.fontface:图例标题的字体样式。 43. key.title.colside:图例标题的位置,可以是“left”、“right”、“top”或“bottom”。 44. key.title.adj:图例标题的对齐方式,可以是一个长度为2的向量,比如c(0,1)表示左对齐和顶部对齐。 45. key.title.position:图例标题的位置,可以是“left”、“right”、“top”或“bottom”。 46. key.title.side:图例标题的方向,可以是“top”或“bottom”。 47. key.title.rot:图例标题的旋转角度。 48. key.width:图例的宽度。 49. key.height:图例的高度。 50. key.x:图例的x坐标。 51. key.y:图例的y坐标。 以上就是venn.diagram函数的参数解释。
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