基因组组装程序linux,使用 SPAdes 进行基因组组装

SPAdes 主要用于进行单细胞测序的细菌基因组组装，当然也能用于非单细胞测序数据。输入数据可以是 Illumina、IonTorrent reads,或 PacBio、Sanger reads，也可以把一些 contigs 序列作为 long reads 进行输入。该软件可以同时接受多组 paired-end、mate-pairs 和 unpaired reads 数据的输入。同时该软件有一个独立的模块用于进行杂合基因组的组装。

SPAdes 包含多个独立模块：BayesHammer： 用于 Illumina reads 的修正

IonHammer： 用于 IonTorrent 数据的修正

SPAdes： 用于基因组组装；K 值是软件自动选择的。

MismatchCorrector： 对组装结果 contigs 或 scaffolds 的 mismatch 和 sort indels 进行修正；此模块需要使用 BWA；默认下此模块是关闭的，但是推荐开启它。

dipSPAdes： 用于组装双倍型高杂合基因组；更多说明：dipSPAdes manual

2. SPAdes 下载和安装$ wget http://spades.bioinf.spbau.ru/release3.1.0/SPAdes-3.1.0-Linux.tar.gz

$ tar -xzf SPAdes-3.1.0-Linux.tar.gz -C /opt/biosoft/

$ /opt/biosoft/SPAdes-3.1.0-Linux/bin/spades.py --test

测试运行

3. SPAdes 的使用

3.1 输入数据

SPAdes 3.0.0 的运行至少需要有以下一种数据：Illumina pair