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原创 生物软件安装与使用--12 Annovar 的安装与使用

1 介绍可以对SNP和indel进行注释,也可以进行变异的过滤筛选2 安装# 解压缩 annovar.latest.tar.gz 文件到 ~/Biosofts/ 目录tar zvxf /disk1/shares/annovar.latest.tar.gz -C ~/Biosofts/# 运行 annovar 工具的 annotate_variation.pl 脚本~/Biosofts/annovar/annotate_variation.pl# 将 annovar 目录添加到 PATH

2023-11-27 17:07:51 824

原创 生物软件安装与使用--11 bcftools 的安装与使用

bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分,用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可以用于 SNP 和 Indel 的过滤、注释、统计和可视化等操作。

2023-11-27 16:54:11 406

原创 生物软件安装与使用--10 samtools 的安装与使用

【代码】生物软件安装与使用--10 samtools 的安装与使用。

2023-11-27 16:37:18 765 2

原创 生物软件安装与使用--9 短序列比对软件 的安装与使用

【代码】生物软件安装与使用--9 短序列比对软件 的安装与使用。

2023-11-27 16:05:00 176

原创 生物软件安装与使用--8 基因组比对软件 的安装与使用

序列比对。

2023-11-27 15:37:50 125

原创 生物软件安装与使用--7 基因组装软件 的安装与使用

velvet是最早的用于二代测序的序列拼接工具,用于序列拼接。

2023-11-27 14:52:48 434

原创 生物软件安装与使用--6 Seqtk 的安装与使用

seqtk日常序列的处理包括,比如:fq转换为fa,格式化序列,截取序列,随机抽取序列等。

2023-11-27 13:58:12 434

原创 生物软件安装与使用--5 SortMeRNA 的安装与使用

去除rRNA,以获得纯mRNA。

2023-11-27 13:29:24 438

原创 生物软件安装与使用--4 Trimmomatic 的安装与使用

【代码】生物软件安装与使用--4 Trimmomatic 的安装与使用。

2023-11-27 13:24:58 754

原创 生物软件安装与使用--3 Trim_Galore 的安装与使用

【代码】生物软件安装与使用--3 Trim_Galore 的安装与使用。

2023-11-27 13:16:40 932

原创 生物软件安装与使用--1 Conda的安装与使用

【代码】生物软件安装与使用--1 Conda的安装与使用。

2023-11-27 13:07:19 52

原创 生物软件安装与使用--2FastQC

​1 简介作用:FastQC 可以快速多线程地对测序数据(基因组测序、ChIP-Seq、RNA-Seq、BS-Seq等)进行质量评估(Quality Control)。Fast文件展示2 软件安装。

2023-11-27 13:01:00 260

原创 SPSS显著性差异分析及字母标记

SPSS显著性差异分析及字母标记

2022-11-27 13:58:34 3864

原创 R语言-图片美化(持续更新)

#坐标轴的优化

2022-11-21 17:21:19 529 1

原创 R语言-ggplot绘制热图

使用ggplot2包绘制热图

2022-11-20 17:54:29 1469 1

原创 R语言-ggplot绘制柱形图

ggplot2包绘制柱形图

2022-11-20 15:03:34 856

原创 R语言-ggplot绘制PCoA图

r语言ggplot2包绘制PCoA图

2022-11-20 14:50:48 1232 1

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